虽然美国现代航母编队装备有先进的反导系统，但对一些针对性设计的反舰导弹 却显得心有余而力不足。如俄罗斯的X-15C超高速空对舰导弹，最大射程150公里 ，飞行速度5倍马赫，美国现有的防空反导系统几乎无法防御。
美国航母编队装 备的先进反导系统，虽对来自一方或两方来袭的导弹防御能力很强，但对来自不 同方向、多个攻击目标的防卫能力却十分有限。如果利用空中、水面、水下同时 向航母发起攻击，那么航母就有可能遭到灭顶之灾。 对航母自身武器来说，美国航母一般装备八联装“海麻雀”防空导弹发射装置和 “密集阵”近防系统，主要用来反击穿透舰队防空系统的导弹和飞机。
而俄罗斯航母则装备大量反舰导弹，如库兹涅佐夫号上有6座30毫米火炮，24座SA-N-9近 程舰对空导弹发射装置，12座SS-N-19远程反舰导弹垂直发射装置，2座UDAV-Z型 深水炸弹发射炮，SA-N-11近程舰对空导弹发射装置，CADS-1近战武器系统，10 架PK-10诱饵发射器，2架PK-2诱饵发射器。以这两个国家为参考，一般航母都装备防空和近防系统，而根据航母载机战斗力 以及编队战力，有些航母配备反舰武器，有些则不装备。