到目前为止，尉迟寺遗址围壕之内已揭露出红烧土排房１７排（组）６８间。这些排房为什么会一次性毁坏从而使原始人集体迁移呢？在前期工作中，我们曾把房子毁坏的原因定为可能与地震、洪水、火灾、瘟疫或战争有关，随着在工作中的进一步观察，逐渐排除了地震、洪水、火灾和战争的因素，认为房子的废弃应与瘟疫有直接的关系，是人类有意的捐弃行为，其主要依据是：
第一，地震问题。虽然无法知道原始社会时期是否发生过地震，但至少遗迹现象没有留下可考的证据。在清理房基堆积时，在清理完的房屋内，没有发现因地震而形成的迹象如地缝或因突然倒塌而砸在房间里的人，因此应该排除房屋的废弃与地震有关的因素。
第二，洪水问题。淮河北、黄河南的蒙城一带古称中原，历史上黄淮两河泛滥，河水经常肆虐中原也是事实，皖北即处在黄泛区之内，但在发掘过程中，与房址同层的堆积包括房子本身，没有被洪水冲过的迹象，从最早的房基层到晚于房基的墓葬层，都是人类活动所形成的地层堆积。
第三，火灾问题。如果和火灾有关，有两点值得我们思考。其一，这类红烧土房址中可燃物很少，即使有些芦苇等铺垫物被引燃，也很难把整个房屋烧得如此透彻。况且有些建筑基址之间有一定的距离，一次失火不可能殃及整个聚落的所有房屋。其二，即使因房内失火，尚未发现使用大量引火物的痕迹，即使如此，人们完全有时间将室内的器物等搬运出来。而现在所发现的房址中，都有大量的陶器，有的相当完整，破碎者还保持着原来放置的样子。从整个现象来看，很难使人相信一家失火会殃及整个聚落，或整个聚落会同时失火。有人认为房址内出土的陶器多为红色，与与地层和其他遗迹出土的陶器颜色显然有别，这应是在红烧土内长期掩埋而氧化的原因。为此中国科技大学对红烧土和室内外陶片作了对比测试，见文后附表。
从测试的结果看，红烧土房由于部位不同，受热程度也不同，故烧成温度存在一定的区别，而室内外的陶片烧成温度一致，说明室内陶器不存在第二次火烧的问题。
按照一般的火灾情况，支柱倒塌后，荷载较大泥土的屋顶也会随着倒塌下来，而内部的积压部分并不会得到充分的燃烧，或出现烧烤不均匀现象，然而，在清理的所有的红烧土堆积中，烧土的火候都非常均匀，不似火灾所致。
第四，战争问题。大汶口文化末期，战争的存在是可能的，但作为尉迟寺遗址来说，本身属于中心聚落，外围有大型围壕环绕，使遗址本身具备了一定的严谨性和封闭性。应该说，尉迟寺遗址是具有凝聚力的聚落，大型围壕不是本聚落的成员所完成，与上百间的红烧土建筑一样，是号召周围其他中小型聚落的成员共同完成的一项工程，尤其是鸟形“神器”的出土，更加显示了尉迟寺本身的地位，因此，尉迟寺聚落作为中心聚落是被其他聚落所维护的，所以，房屋的毁坏应该排除战争的因素。
第五，说到瘟疫，其原因有多方面。首先，原始人生活在一个非常浓厚的宗教环境中，对一切自然现象都会感到不理解，房子里经常死人，便给原始人埋下了不可抵御的阴影而产生畏惧感；其次，当时的儿童死亡率很高，从墓葬的统计来看，儿童墓葬（包括土坑墓和瓮棺葬）已占到墓葬总数的８５％，这可能是一场瘟疫带来的后果，所以，原始人认为不但房子不能住，而且原来的生活器具也不能使用，因此房子被人为的废弃后便集体搬迁，先民们也只能再一次“择吉地而营之”了。实际上，这也是原始先民一种捐弃形式。房子的毁坏与人为有关主要表现在，每一排（组）房子倒塌后的红烧土堆积，都非常规整，而且这种现象在每排房基清理之前都是一样的平整，就是说，房子在毁坏过程中只有经过了有意识的掩埋，才会出现平整和有规律的堆积。如果是自然过程中的倒塌，其堆积表面应该出现高低不平的现象，倒塌的范围也不会如此规整，应该说，当时的宗教意识和宗教力量起到了一定的作用。
在清理的每间房子中，都有数量不等的生活用具和生产工具，房子的毁坏对原始人来说是不幸的，但却给后人留下了完整的资料。