上述布局均可避免重要部件受起降时激起的波浪冲刷。机身为大长宽比全金属半硬壳式设计，底部设有防浪肋条，减低肋起降时的波浪。经上述精心设计，水轰-5可以在海上、江河湖泊以及水库中起降，并具有超低空、大航程、全天候、大载弹量短距起降和抗波浪性好等特性。水轰-5在水面起飞距离约500米，水上着陆距离大于800米，可在水深2.5米、长1500米、宽200米的水面起降。另外水轰-5也可在岸上机场着陆，但由于起落架较短小，安全系数不高，因此一般都采用水上起降，然后再通过岸边坡道滑行上岸。飞机可连续飞行11小时55分钟或4906千米。
水轰-5的动力设置采用4台 涡桨-5甲 涡桨发动机，额定功率为2059.4千瓦，最大功率2316.8千瓦，驱动四个J19-G10型金属4叶螺旋桨。考虑到南方湿热的天气，涡桨-5A发动机经特殊措施，在30度气温时，仍能提供315O马力的推力。J19-G10型金属螺旋桨不仅有电防冰装置，还具有顺桨和反桨功能。操纵系统配备有自动驾驶仪和三轴复合液压舵机助力器及气液人感装置，并随时可由操纵转换为人工操纵。为保证飞机在水面随时能自行起动发动机，备有动力电源系统。
机上电子设备包括XS-5A信标机、BWL-7自动无线电罗盘、263无线电高度表、773多普勒导航雷达、搜索轰炸雷达、航向系统、惯性多普勒组合导航仪、高度速度中心仪、地形回避设备、火控计算机、光学和激光轰炸瞄准具及反潜专门设备。反潜设备包括多种声纳浮标和尾部的长杆状磁力探测器。部分设备为后期改进加装的。机尾装有一个水舵。武器可以携带自导鱼雷、“鹰击”-8型空对舰导弹、航空炸弹、深水炸弹等反潜武器，此外机身背部还装有自卫的PX-5型炮塔系统，配装两门23-2机炮。武器分别挂在机身与内侧发动机之间以及内外侧发动机间的机翼挂架下面。另据未证实的消息，水轰-5装备了 C-101 超音速反舰导弹。C-101示我军装备的第一代冲压式低空，超音速反舰导弹，69年5月开始研制，1985年导弹飞行实验成功，经多次改良后定型。制导采用末端主动雷达自动寻的方式，因此载机或舰艇在发射后即可关闭自身的雷达，进行脱离。导弹重达1847千克，射程45千米，使用液体冲压发动机加火箭助推器。北约代号CSSC-X-5(下图)。
