新生及复训保密、内调两局现有干部；在此基础上，将两局人员混编，以打破两局长期以来的半敌对状态，建立现代谍报体制，结束私人割据的局面。
这是对谍报系统的根本改革，也是对毛氏的“独立王国”的根本动摇，非同小可，蒋经国岂敢擅自拍板，必须蒋介石点头。而要蒋介石点头，并不是一件容易的事。恰巧这时发生了杜长城案，才使蒋介石不得不认可蒋经国的决策。
杜长城算是一个知名人士，曾在四平战役中立有“战功”。国民党逃离大陆时，杜任国防部技术总队队长，负责破坏各种设施，阻滞解放军前进；抵台初期，在“保卫大台湾”的口号下，技术总队又设计出在海水中遇敌自动升起爆炸的多种诡雷，备受毛人凤赞赏。毛有意提携杜长城，想进一步委以重任。
但陶醉于功名的杜长城，完全迷失了自我，不知道自己究竟几斤几两。当时正值陈诚以解放军渡海作战为假设，在台湾海峡搞了几次“海上大爆破”的军事演习，杜长城利用这个机会，乱造预算，***了不少黄金，其中一部分送到毛公馆，孝敬了毛夫人向影心。在毛人凤纵容下，他还竟然异想天开，打算绑架蒋经国。谁知内情被蒋经国侦知，杜长城和他的亲信多人被捕。军法单位对如此大案不敢审决，将全部涉案名单上呈蒋介石。蒋介石一怒之下，用红笔在呈文正面的名单上打个括号，批示“一律枪决”。杜长城及涉案的另一个毛氏亲信胡凌影没能逃过此劫，成了蒋经国的枪下鬼。
蒋经国一下子搞掉了毛人凤的两员大将，但这还不是毛人凤最大的损失，毛的最大损失是：经过此案，蒋介石对毛人凤开始失去信任，因而完全接受了蒋经国拟订的谍报系统改革方案。等蒋介石一批定蒋经国的改革方案，一切便雷厉风行，毛人凤大势遂去，蒋经国便正式君临台湾谍报系统，成了地道的台湾特工王。
