环境因素
尿道下裂是小儿泌尿生殖系统最常见的畸形之一，特点为男婴外生殖器正常，尿道开口在会阴部(类似于女性尿道开口)，目前发病率在全球范围呈上升趋势。无论流行病学调查还是动物实验均表明，环境中内分泌干扰物污染可能是最大杀手。杀真菌剂、除草剂(如利谷隆)、杀虫剂(如敌敌畏)、工业原料邻苯二甲酸酯类化合物(其中邻苯二甲酸二丁酯的用途十分广泛，是增塑剂、涂料、印刷油墨、润滑油、指甲油、喷发剂、皮肤软化剂，化妆品的一种组分或用作溶剂)等均由于动物实验具有生殖发育毒性而倍受关注，这些“杀手”会导致内分泌反馈调节系统的异常等多方面影响尿道下裂的发生。
药物因素
另外，经过专家调查，单纯性尿道下裂的患儿，母亲在孕35天—4个月时均有因先兆流产而单次或多次注射黄体酮或口服雌、孕激素(如烯丙雌醇、孕康口服液)保胎的病史。另外，孕早、中期药物的使用，如抗癫痫药(丙戊酸钠、苯巴比妥)也有明确的致男婴尿道下裂的作用。