不孕不育要分开说：不孕症和不育症。夫妻婚后长时间同居，性生活正常且并没有采取什么避孕措施，较长时间任然没有受孕迹象，统称为不孕症；而有过妊娠，但是由于流产、早产或死胎，而未能获得活婴者，称为不育症。在众多的引起不孕不育症的病因中，遗传病是其中的一个很重要的因素，尤其是遗传病中的染色体病。染色体病包括性染色体病和常染色体病。
1、卵巢功能异常 临床研究表明，甲状腺机能低下的患者促性腺激素的分泌呈脉冲式，但基线水平较正常者高，从而影响了排卵。部分患者虽然体内雌激素水平正常，有正常的或近似正常的月经周期，仍存在不孕，可能因垂体促性腺激素效能降低或存在抗卵巢作用，亦会造成不排卵。
2、自身免疫 甲状腺机能障碍伴不孕患者中甲状腺抗体阳性者所占比例较高，说明该类不孕可能与自身免疫功能异常有关。
3、代谢异常 在甲状腺机能减退的患者常因代谢功能低下而导致肥胖，从而增加了不孕的发病率。
4、影响子宫发育 动物实验研究了甲状腺机能低下的大鼠子宫结构，发现子宫内膜减少，肌层变薄、宫角体积减少。