大多数中小网站对整治行动表示拥护，但一些地方为彻底清查不良信息，将机房彻底关闭，不少合法网站也牵连其中。突如其来的风暴让不少中小网站多少有点猝不及防。
数据显示，目前，全国仍有超过10万中小网站处于暂时关闭或永久关闭状态。不少已经实现盈利的小网站收入断流。
“整顿低俗，有利于中国互联网的健康发展。但在现实操作中，中小网站合法权益也应维护。”付长宝说。
中国互联网协会网络不良与垃圾信息举报受理中心常务副主任李红承认，互联网治理过程中“不排除一些误杀、误伤的现象”。但她同时表示，“管理的目的绝对不是一棒子打死，而是为了促进健康、有序的发展。”
“我们今后尽量做到精确打击，减少误伤，也希望中小网站站长严格管理，大家共同营造良好的网络环境。”李红说。
网站备案之惑
2月23日，工信部公布《进一步落实网站备案信息真实性核验工作方案(试行)》文件，明确“网站主办者是指互联网信息服务提供者，包括单位和个人两类。”这为百万个人站长“正了名”。去年12月中旬停办的个人网站申请业务，也于同期开通注册。
文件规定，“接入服务单位在本单位备案现场采集并留存网站负责人彩色正面免冠照”，即实行“本地备案”制度。
这给不少中小网站带来希望的同时也带来了困惑。现实中，不少网站租用的服务器远在外地。对于多数网站经营者来说，千里迢迢去服务器所在地进行备案、拍照以及办理各种手续，需要花费的各种成本远远高于经营网站的成本。“这也意味着，一个大山里的孩子几乎不可能开办自己的网站”，一名小网站站长说。
付长宝原先的服务器在河北廊坊，“因为便宜”。新规定出台后，他算算账，将服务器搬到了北京。而更多的网站选择了“走出去”，据统计，购买100M国外空间、并将网站迁移出去的费用仅为10美元左右。
“这在事实上增加了国家对这部分网站实施管控的难度，也不利于我国互联网的发展。”全国政协委员、中国传媒大学柯惠新教授认为。
此外，根据规定，经营性BBS备案需要有ICP证资质。而获得ICP证的先决条件是注册资金在100万元以上。对于中国上百万的中小网站站长而言，“有100万资金就不干这个了”。
业内人士估算，我国目前上百万论坛中真正拿到备案的，不超过3000家。