由此，钟栗铎及旺达网开始申诉。2009年8月4日，旺达网致函清华大学校务委员会及校长办公室，举报健坤集团直接参与紫光经营管理及评估，有重大利益冲突，清华控股的做法很草率并极不负责。同年9月25日，旺达网致函清华控股及首旅系股东，建议召开股东会，解决紫光集团增资乱象；罢免现任总经理，扭转混乱状态。
2009年10月28日，由于多次向清华大学反映未果，旺达网向对直属高校校产负有行政监督管理职责的教育部财务司、科技发展中心、教育部纪检组发函，举报紫光重组过程中的违法行为。2009年11月24日，旺达网再次致函上述部门反映，紫光集团重组的违法操作得到了清华大学常务副校长陈吉宁、清华大学原常务副校长杨嘉庆等人支持，质疑其背后存在不当利益交换嫌疑。次日，旺达网就紫光重组过程中清华大学有关人员的违法违纪行为，向中共中央纪律检查委员会和国家监察部举报。
今年开始，钟栗铎的维权历程继续。2月2日，旺达网就借款成立合资公司事宜提出系统的质疑意见，并在2010年第一次股东会上投票反对。2月8日，旺达网第三次致函教育部，举报紫光集团重组过程中的违法行为，重点反映了借款设立合资公司的违规行为，要求教育部采取措施，避免国有资产流失。
2010年2月8日，旺达网致函北京市工商局，通报紫光集团重组过程中的违法行为，要求停止办理一切有关紫光集团及其属下公司之股权转让、法定代表人变更、新子公司设立等事项的工商登记事宜。
但是，这些举报并没有得到有关部门的回应。“教育部只做了备案，我多次致函教育部都没有正式回复，我已经起诉教育部，但法院没有受理。”钟栗铎说。
对于钟的这些申诉行为，宋军一言以蔽之：“我们增资扩股、重组等过程程序完全合法，不存在任何违法问题。”至于钟反映的校方与健坤集团之间的“不正当利益交换嫌疑”，“这完全是莫须有。”
重组“违规”之争
虽然在是否“违规”一事上双方各执一词，但很多事实还是能还原一些真相。
作为清华大学成立最早的校办企业之一，紫光集团已有21年的历史。1988年7月，清华大学科技开发总公司成立，这是紫光集团的前身。1993年4月，改组成立紫光集团。2003年，清华大学整合校办产业，组建国有独资的“清华控股有限公司”作为清华校办产业的最高控股机构，是紫光集团的全资股东。
两年后，清华控股引入外部投资者，将紫光集团由全民所有制企业改制为国有控股的有限责任公司，改制后清华控股占紫光集团股权结构的80.9%，首旅集团旗下两家公司投资4000万元人民币共占18.2%，旺达网占0.9%。紫光集团当时的注册资本为2.2亿元人民币。改制后的紫光集团主营业务是资产管理，旗下有紫光古汉(000590.SZ)、紫光股份(000938.SZ)两家上市公司和30多家非上市的参股子公司。