赤潮生物所产生的毒素排入水中还会对海洋生物产生毒素作用。赤潮生物的死亡，还会促使细菌繁殖。有些种类的细菌或由这些细菌产生的有毒物质能将鱼、虾、贝毒死。
水体富营养化"听说过吗?炎夏暴雨之后，又碰上高温闷热天气，原本碧波荡漾的海湾，一夜之间，湛蓝的海水便会改变了颜色，海风吹来传来阵阵难闻的腥臭味，死鱼虾尸漂浮海面，贝类相继死亡。这就是赤潮发生时的可怕景象。沿海甚至内河生产\生活污水的过量排放，给海洋带来大量的氮、磷等营养盐，造成海水“富营养化”，海中一些特殊生物--"赤潮生物"便会急剧而大量地繁殖起来，这就形成了赤潮。赤潮，对水生生物最大的威胁是引起水中缺氧。由于赤潮生物大量繁殖，覆盖整个海面，而且死亡了的赤潮生物极易为微生物分解，从而消耗了水中溶解氧，使海水缺氧甚至无氧，导致海洋生物的大量死亡。因海水缺氧而产生的硫化氢和甲烷对海洋生物也有致死的作用。有些海洋生物，如许多涡鞭毛藻，能将大量的粘性物质排于细胞外，这种粘性物质以及浮游生物死后所排出的粘性物质，能附着于贝类和鱼类腮上，使其窒息死亡。一些微细的浮游生物大量繁殖，也会粘住动物的腮，使其呼吸困难，严重者也可致其死亡。另外，赤潮生物所产生的毒素排入水中还会对海洋生物产生毒素作用。赤潮生物的死亡，还会促使细菌繁殖。有些种类的细菌或由这些细菌产生的有毒物质能将鱼、虾、贝毒死。
当某一海域发生赤潮，对水产业的危害是显而易见的。从近几年海洋环境监测情况来看，由于海洋生态环境遭到破坏，某些海域水污染加剧，导致了海洋污染日益严重，赤潮的发生次数和范围日益扩大，不得不引起人们的关注。但就目前的技术手段来看，人们还只能以防为主。做好赤潮监测防治，搞好防灾减灾工作，保护海洋生态，是减少赤潮发生的次数，减少其所带来的损失的最好办法