通常每个航空公司有两个代号，一个是国际民航组织（ICAO）三字代号，一个是国际航空运输协会（IATA）的两字代码，也就是您所说的FM MU 等等。
国际民航组织（ICAO）协调各国有关民航经济和法律义务，并制定各种民航技术标准和航行规则的国际组织。技术性官方组织。
国际航空运输协会（IATA）世界航空运输企业自愿联合经织的非政府性的国际组约。其宗旨是“为了世界人民的利益，促进安全、正常而经济的航空运输”，“对于直接或间接从事国际航空运输工作的各空运企业提供合作的途径”，“与国际民航组织以及其他国际组织通力合作”。商业性非官方协调性组织。
gracegrilyang 的资料很多是错的， 比如说海南省航空公司H4，历史上的海南省航空公司从未加入IATA，H4并不是它真正意义上的IATA代码。现在的海南航空集团是原来海南省航空重组的基础上成立的，于2000年加入IATA，其代码为ＨＵ。
至于代码和英文的联系，在最初的主要的挂国旗的航空公司还是有联系的。比如法航Air France AF英航British Airways BA美联航 United Airlines UA德国汉莎Lufthansa LH （国航）中国民航 Air China CA 加拿大航Air Canada AC
后成立的航空公司则和英文联系不大。