食用菌制作菌种及接种栽培制作栽培菌袋，甚至出菇管理时都会出现一些不利生产成功的异常现象：例如杂菌污染、“不吃料”等现象，往往会给食用菌生产带来重大损失。
杂菌污染：在白色的菌种中，浓白的栽培菌丝筒表面出现一些绿、青、黄、红、黑等杂色斑点或斑块，甚至占据整个白色菌丝体，随之使培养料发酸、发臭或发霉，最后只好报废。所谓杂菌，除食用菌以外的菌类都叫杂菌，如霉菌、细菌、酵母菌等，它们如果同时落到一种食物上（培养料）就会相互争夺养料，谁的“势力”强，谁就大量繁殖占领整个“阵地”，一般来说杂菌就像农田杂草一样比庄稼繁殖力强，所以我们应设法帮助食用菌来战胜这些坏家伙！实践证明，应当采取综合措施，并贯穿在整个操作过程中，环环扣紧，一抓到底。其措施有：首先搞好环境卫生，不断清除培养场地、栽培场地的污物，并加以药剂消毒，不让杂菌有滋生余地；处理好原料，原料堆藏要垫薄膜或油毛毡防潮，料上面要盖好，防雨淋和杂物落入，米糠、麦麸、饼肥易生霉菌，应密封贮藏；拌培养料时，注意加水量要适宜、酸碱度要适宜，有利发菌，不易生杂菌；进灶灭菌过的瓶子、袋子要放在清洁地方冷却，用清洁的塑料膜盖好，防止灰尘污染；当播种、接种时，一要耐心，二要细心，操作的手、工具及场所（包括接种箱）都要分别注意消毒灭菌，如手用75％酒精擦，工具用酒精灯灼烧，场所（包括培养场地）用甲醛或硫磺熏蒸、撒石灰及用新洁尔灭、来苏尔等药剂喷雾消毒。
“不吃料”：指培养料装入瓶或袋灭菌进行接种后，有时菌种块上的菌丝不萌发现象。“不吃料”现象生产实践证明：有三方面原因，一是菌种被接种工具过烫或灭菌过的培养料未充分冷却（30℃以下）而热死；另方面是培养料不合菌种的“胃口”，不能“吃”，如料中水分过多过少、过酸过碱，霉味、酸味、酒精味过重，熏蒸时甲醛毒气过重；三是菌种本身已衰老死亡，失去萌发新菌丝能力。在生产实践中如发生“不吃料”现象，就要根据以上可能发生不吃料的原因，结合查找生产工艺过程中的“工艺毛病”，找出不吃料原因，作为以后生产工艺的改进依据。已不吃料的“半成品”怎么办？那只好重新接种了。例如，浙江金华地区有位专业户10月份接种金针菇菌种，接种半个月后还不萌发，结果他就改为接种平菇菌种获得成功。
