真菌的营养体除极少数为单细胞外，典型的为多分枝，很细长的丝状体，称为菌丝体。菌丝体上的单根丝状体称作菌丝。菌丝有横隔膜或无隔膜。无隔膜的叫无隔菌丝，有隔膜的叫有隔菌丝，一般低等真菌的菌丝无隔膜，高等真菌有隔膜（见图10）。
真菌的菌丝一般由孢子萌发产生的芽管发育而成。它的再生能力很强，任切取一小段移植在适宜的条件下，都可发展成新的菌丝体。菌丝除具有繁殖作用外，主要的作用是生长蔓延、吸收营养、产生繁殖器官；所以相当于高等植物的根、茎、叶。
有些真菌的菌丝体，在不适宜的环境下或在其生活后期，可发生变态而形成紧密的组织体，常见的有菌核，菌索及子座。
菌核是由菌丝交织而成的变态体，它的大小、形状、颜色和组织紧密的程度因种类而不一样。菌核能贮存大量营养物质，并对高温、低温干燥具有很强的抵抗能力。当环境条件适宜的时候，菌核就萌发而形成新的菌丝体，或者在上面产生繁殖器官。
菌索是一些高等真菌的菌丝平行排列组织而成的绳索状体，外形与高等植物的根有些相似，特称为根状菌索。菌索既可抵抗不良环境条件，也有助于真菌扩大蔓延或侵入寄主植物。
子座也是由菌组织构成的，间或混有寄主组织，结合成一种坚硬的垫状或头状物。子座是许多真菌由营养体向繁殖体转化的一种过渡形成，它有时也具有很强的抵抗不良环境的作用。