酷派D539信息界面
酷派D539使用的是Android 2.1系统，相对于原生的安卓系统，酷派D539的操作界面改动很大，看起来比较像苹果的iPhone手机界面。屏幕下面是五枚固定的常用功能菜单，包括信息、拨号盘、通信录、通话记录、和主菜单。主屏采用三分屏，用户可以在三个分屏添加自己常用的程序快捷键或者窗口小部件。酷派D539相比原生Android 2.1系统多了主菜单壁纸选项。
主屏幕显示
酷派D539的主菜单通过左右滑动切换到不同的页面，总共有6个页面，每个页面最多可以显示12项功能，使用起来感觉左右滑动的页面数太多，想找某个功能不是很方便。但是页面滑动的流畅性做得很好，没有一点卡顿的感觉，图标也很漂亮。
酷派D539菜单界面
和其他手机厂商的手机一样，酷派D539也内置了一些酷派特有的软件，包括酷派记事本、酷派天气、coolbook等，这些软件的界面都很漂亮，使用起来也很方便、很实用。
