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鱼和人类一样属于脊椎动物，所以鱼体和人类有某些相似之处：都有骨架支撑肌肉、有心脏向身体各部分供血。人所有的五大器官也同样存在鱼身上，但其功能因用进化而有所变更。但基本上人和鱼是属于截然不同的动物。
体型
鱼的体型受环境的影响而有不同。例如，在急流中生活的鱼比生活在静水中的鱼更显出流线形状，比方说：斑马，其身型为流线型、身体则为圆筒状，就大概可以推测其原产地的水流会比较湍急。
腹部平坦的鱼常平贴於河床，像鼠鱼、异型就是很好的例子；而背部平坦的鱼则常游动鱼水面下，例如：孔雀鱼、将鱼。
口形
鱼嘴的位置和形状有助於辨别鱼的食性，及在水中生活栖息的深浅程度。口形上翘成杓状的鱼类，大多生活在上层水域，以浮游虫类为食，像是龙鱼、孔雀，其嘴型就是属於口上位型。
嘴巴在前方的鱼则多以掉落在水中的食物及水草为食，大多数鱼类皆属於此。而口形向下的鱼，通常摄食河底淤泥中的食物，如鼠鱼、异型。
侧线系统
侧线系统是鱼的神经系统；侧线器官位於鳞上成小孔状，小孔里面含有神经末梢。侧线系统
通常与鱼体同长，有时经鳃盖延至鱼鼻部，和外界接触可作为探测感应之用，能感受到震动波及水流速度。所以许多鱼可以在黑暗的水域中自由游动，甚或眼睛机能已退化至看不见的鱼，都得以用侧线系统探测水中的障碍物，有名的加拉辛科中的盲鱼(Astyanax fasciatus)就是很好的例子。
视觉器官
鱼的眼睛在头的两侧，无法双眼正视前方，而不能将视线集中在同一物体上，是为单眼视觉。且其视线范围仅约45公分；但有些鱼的眼睛生於头部顶端，便有双眼视觉。
鱼因为两眼注视不同方向，因此对距离的感受并不精确。但鱼能清地辨别颜色，鱼眼要透过调整形状的晶体来调焦，而人眼晶体的形状会自动调节。
另外，鱼眼并无眼睑，故常被误认为不需要睡眠，其实，当鱼长时间静止不动时，便是在睡觉，因为鱼有周围的水来润滑眼睛，所以眼睑对鱼而言并不需要。
呼吸器官
水经口吸入，通过鳃排出，形成鱼的呼吸运动。鳃是鱼的呼吸器官，由无数排列成行的鳃丝组成，呼吸时，水经口腔流入鳃腔，由鳃丝毛细管吸入水中的氧气进入血液中，同时排出二氧化碳及少量的氨。
有些鱼还有一个辅助的呼吸器官，来吸入滞水中或有腐烂植物水域中的氧气，以利在含氧量低的水域中生存。例如鲶鱼靠其後肠吸收氧气；而斗鱼则在靠近鳃处有一个辅助器官，能容纳从水面吸收的空气并从中提取氧气，这个迷宫似的辅助器官也使此类鱼被称为迷鳃鱼。
嗅觉器官
鱼类的鼻子与人类不同，无呼吸功能而仅作辨别气味用。鱼的鼻孔一般生於嘴巴前端，常为两个或四个，紧靠嗅神经系统。凭藉嗅觉，鱼也能接收到同伴传递的资讯：如某鱼发出受惊的信号，其他鱼也都相应作受惊状。鱼的嗅觉器官除有助於觅食之外，也还助於寻找产卵场所。
味觉器官
鱼类的味觉感受器官，主要分布在舌、唇上，其他如腹鳍上也有少许的分布，如部分攀鲈科的腹鳍就有味觉细胞。有些鱼也靠触须来感受，像是鲶科的鱼种就是。
听觉器官
鱼耳的构造很简单，只有相当於人类内耳部份，能接收到的频率与人类大致相同，但不同鱼类品种对不同的频率则反应不一。
鱼对震动波的敏感性决定鱼的听力范围。震动波往往先由鱼鳔传得，然後由耳内的相联小骨导入鱼耳；另外，也可以由一根连结鱼鳔及鱼耳的管状器官测得。
渗透作用
鱼皮像一层半渗透的膜，也是一个单项换水系统。由於渗透压的作用，浓度较低的液体，可通过膜渗出来稀释浓度较高的液体。
淡水水域
由於鱼所生活的环境是浓度较低的水，水会不断地进入鱼体，为了避免胀裂，淡水鱼会尽量少喝水，多排水；据研究每日约为鱼体重量的十倍，这些水一部份经鳃孔排出，一部份由尿道排出。
海水水域
海水鱼会失水於体外比较高浓度的海水，使得体液不断的减少，因此海水鱼会不断地喝水，而排出少量的尿液及多余的盐份，来维持其正常的体液量。
所以几乎没有一种鱼能毫无困难地从一种浓度的水中转移到另一种浓度的水中生活。
鳔
大多数鱼都有一个气囊，起平衡作用，使鱼在水中的任何地方都能保持平衡。鳔可以自动膨胀、收缩，使鱼的重量与其周围水的重量相同，而使鱼可浮在水中；有些鱼还可用鳔来发出或放大声音。
鳍
鳍是鱼类的运动器官，由刺状的硬骨或软骨支撑薄膜构成，在纤维肌的作用下可收拢或展开。
背鳍
背鳍作用如脊椎骨，用於保持鱼体水平。
臀鳍
有些鱼类的臀鳍已演化成交尾器，如雄性孔雀鱼，臀鳍成棒状，可直接插入雌鱼的泄殖孔使卵子受精。脂鲤科的一些鱼，臀鳍长有细小的钩状物，据说能使雄雌鱼於交配时紧密缠抱。不过尚未有有力的证据证明。
胸鳍
胸鳍有助於鱼体转向，於两胸鳍同时展开时可使鱼停止游动，另外为使鱼卵能顺利孵化，胸鳍也扮演着将水泼向鱼卵的角色，像是慈鲷科的鱼种多有此动作，以防止卵发霉。
脂鳍
脂鲤科的鱼在背鳍与尾鳍之间长有脂鳍，是一个小型的脂肪摺，无刺状骨，也无明显作用。其他鱼种则无此特徵。
尾鳍
其作用是藉由尾肌的波浪运动，提供鱼前进的後力，是鱼游动的基本来源，对鱼而言犹如人的双脚。
鳞
鱼体覆有鳞片，鳞片为鱼表皮衍生，可免遭鱼体受到伤害，甚至还有遮阳的用途。
鳞片表面常分泌出一种黏液，具有润滑和抵御寄生虫的作用。至於鱼鳞的分类有骨鳞及盾鳞两大类，鲨科鱼类为盾鳞，一般热带观赏鱼的鱼鳞则为骨鳞，骨鳞又分为後缘有小齿的栉鳞及後缘平滑的圆鳞两种。
是不是有些鱼没有鳞片？有的，甲鲶科的鼠鱼，体表无鳞，是由两或三排交错重叠的鳞甲覆盖，而鳞甲并非鱼鳞。
色彩
热带鱼身上因皮下的鸟粪嘌呤晶体经光线反射，或由表皮的色素沉淀，而形成五彩缤纷的色彩，令人眼花撩乱，通常为鱼只价格的衡定标准。此外，鱼的颜色还有非常实际的用途：最基本的用处是识别同类及遇危险时的伪装，但也有的鱼为了掠食而模仿其他鱼的颜色。
鱼类繁殖时颜色会变深些，以警告其他鱼离远一些；彩色图案也能帮助幼鱼认出牠们的父母。
而鱼背部的颜色通常会较深，腹部则较浅，俯视时与河床混为一体，可有效地防范陆生食鱼动物的侵袭。
自我保护
鱼有一套防御机能，以对付其他的鱼类，无论其行为是善意的还是恶意的。举例来说，直竖的尖鳍让鱼得以死里逃生不被吞食。在遇到危险时，有些鱼的身上甚至会排出毒素或发电来袭击敌人，前者如海水中的狮子鱼，而後者就属电鳗最为知名。
排泄
鱼的排泄通常经由消化道排出，但少量的氨以及淡水鱼体内的水则经由鳃孔排出。此外，鱼体部份排泄物如鸟粪嘌呤晶体，则积於皮下。
