《X档案》分集剧情介绍：大结局
第1集 我想做好人 Hungry
一个基因变种人有着无法抑止的吃人脑的欲望。但他想做个好人。
第2集 幸运儿 The Goldberg Variation
一个善良的家伙有着难以置信的好运气，他和懂得平衡自己拥有的好运，并运用它们来攒钱帮助一个肾衰竭的孩子做肾移植手术。
第3集 第六次大灭绝（上） The Sixth Extinction
Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。
第4集 第六次大灭绝（下） The Sixth Extinction II: Amor Fati
Kritschgau 指出Mulder现在的情况是因为曾感染黑油，飞船碎片的出现激活了黑油发生作用。CSM知道Mulder现在是继Spender的母亲之后又一例成功 alien/人类混种，而且是更加稳定无排斥的品种。他带走Mulder，实施手术移植他的脑部遗传物质到自己身上。Mulder一直在做梦，梦中他在 CSM的诱惑下经历了完全不同的人生。
第5集 千禧计划 Millennium
一个叫做千禧组织的邪教团体召唤了四个活死人，意图通过仪式迎接世纪末的世界末日。Mulder和Scully找到曾是千禧组织成员之一的前FBI探员帮助破案。
第6集 急速快感 Rush
几个孩子发现了一个山洞的秘密，被洞里的神秘光线照过之后，他们能够以肉眼捕捉不到的高速运动。
第7集 替天行道 Orison
2X13里的恋物癖被一个传教士出于替天行道的目的放出了监狱，但他低估了这个变态的邪恶程度。Scully再次成为了这个变态的目标。
第8集 魔术大师 The Amazing Maleeni
魔术大师马里尼在完成他的绝技——头颅旋转180度的表演后，被发现尸首分离死在自己的货车上，另一个与他有瓜葛的魔术师成为了嫌疑犯。Mulder和Scully却发现这一切可能只是场魔术骗局。
第9集 不义之徒 Signs & Wonders
传教士Mackey的和善外表下是恶魔的心，只有同一教区的另一位另类神父看穿了他。Mackey使用种种卑劣手段打击栽赃这位神父。连Mulder和Scully都被他们的外表欺骗了。
第10集 生命的奇迹（上） Sein Und Zeit
发生了多宗儿童绑架案。Mulder认为案件和Samantha的失踪有关。追随线索，他们发现凶手是个嗜杀儿童的杀人狂。Mulder的母亲自杀了。
第11集 生命的奇迹（下） Closure
被杀的儿童里没有Samantha。但有个人通过这个案件联系上Mulder，声称能帮Mulder找到他妹妹。最后Mulder终于知道Samantha很早就死了，她的灵魂和许多其他奇异失踪的孩子的灵魂在一起，安全而快乐。Mulder自由了。
第12集 Ｘ警察 X-Cops
X档案与Cops的Crossover，忠实记录了Mulder和Scully协助警方追捕月圆之夜的“怪物”——恐惧的过程。
第13集 虚拟战斗 First Person Shooter