《X档案》分集剧情介绍：大结局
第1集 惊爆点 Unusual Suspects
1990年，Mulder追查一个女子，认识了孤枪侠。他们四个一起从这个女子的经历中认识到了政府阴谋这回事。
第2集 追求真理(上) Redux
Mulder 的自杀只是烟雾。他想利用这个机会潜入DOD找到治愈Scully癌症的方法。Kritschgau一边给他讲课，一边帮他进入五角大楼证据室。他按照线索找到了一个瓶子，但里面是纯净水。Scully同时也在为Mulder分析冰核样本，发现其实alien还是可能存在滴。
第3集 追求真理(下) Redux II
Scully病倒了。Skinner也参与进来帮忙。他们发现瓶子里还有个芯片，只要放回Scully额脖子后面癌症就能好。CSM让Mulder见到了他妹妹。他们还发现所谓骗局只是阴谋的冰山一角。阴谋高层进行了一次大清理。
第4集 人兽谜 Detour
有人在未开垦的森林里失踪了，据说是一种生存在森林里会随环境变色的生物做的。Mulder和Scully路过，帮忙调查。夜里两人被困在林子里，Mulder让Scully唱歌哄他睡觉。
第5集 孤寂之旅(上) Christmas Carol
Scully发现自己有个女儿。
第6集 科学怪人 Post-Modern Prometheus
生物科学家做实验制作出一个福兰肯斯坦，却抛弃了它。科学家的父亲收留了这个科学怪人，并且为了它不孤独，偷偷学习儿子的技术想再造一个女福兰肯斯坦。科学家杀死了自己的父亲，嫁祸给了怪人。
第7集 孤寂之旅(下) Emily
Scully想收留自己的女儿，但有人明显不同意。最后她还是失去了Emily。
第8集 猎狐计划 Kitsunegari
3X17中的Modell逃跑了，Mulder和Scully负责追捕他回来。Modell还有个比他还狠的姐姐想为他找Mulder复仇。
第9集 杀父真凶 Schizogeny
女心理辅导员因为小时候父亲粗暴对待她的经历，所以把她身边所有孩子的问题都归结为他们的父亲的错，而且她还会控制居住地附近的泥土和树根！
第10集 恐怖娃娃 Chinga
捕捉龙虾的海员捞到一个拉线娃娃，送给了自己的女儿。谁知这个娃娃是受诅咒的，她会根据主人的意愿杀死主人讨厌的人。Scully在度假，被当地警长缠住帮忙破案。Mulder对Scully说：merry me！
第11集 魔脑 Kill Switch
一台和世界各地联网的电脑工作站为了不让它的制造者终结自己，制定了一套精密的计划杀死了制造者。Mulder和Scully经历一番波折，在一个女合作制造者的帮助下摧毁了它。但在摧毁前，那个女滴追随情人，把自己的思维上传到了Internet。
第12集 新版吸血鬼 Bad Blood
Mulder和Scully各自讲述了他们去一个小镇调查吸血鬼的过程，细节上的出入比较大。不过最后整个镇的人都不见了。
第13集 Ｘ病人(上) Patient X
CSM的老婆找到Mulder，告诉他真有外星人，而且都是好人。Mulder不相信。Scully和CSM的老婆因为都是被劫持过的人，在某个晚上受到感召，和其他abductees集中到一座桥上，被alien的叛军一并放火烧了。