第14集 Ｘ病人(下) The Red and The Black
Scully 幸运的脱险了。辛迪加意识到外星叛军的力量成熟起来，开始和他们作对了。他们抓到一个叛军，打算立刻交给殖民外星人。但WMM认为，这是个反抗的机会，如果Krycek从俄国偷来的疫苗能有效对抗黑油，那么他们手头就有了武器；如果没有效果，就铤而走险和叛军结盟。最后，疫苗是有效的；外星叛军俘虏在被赏金杀手带走的路上，在Mulder的眼皮底下被同伙救走了。
第15集 旅人 Travelers
一个退休探员给Mulder讲了他在40多年前办的一个案子，那时候政府就开始在人体做实验了。Mulder的爸爸在这个案子里起了很大的作用。
第16集 心眼 Mind's Eye
一个盲女能看到自己父亲看到的东西。她父亲杀人越货她尽收眼底。出于自责，她每次都第一个赶到现场消灭证据。但他父亲不知道她是谁，只知道她对他了如指掌。
第17集 心灵告白 All Souls
圣经传说中，天使降临人间和凡妇结合生下四个堕落天使，他们畸形，受虐待。六翼天使负责把它们召回天堂，以免恶魔先行一步将它们据为己有。这个神话这次让Scully经历到了。
第18集 非常卧底 The Pine Bluff Variant
Mulder参与了一次调查恐怖分子使用生体毒素的卧底行动，后来被识破身份险些被处死。后来他才知道，整个从恐怖分子到调查卧底的行动，都可能是CIA协助政府为测试生体毒素计划的。
第19集 双疯 Folie A Deux
一个公司职员劫持了整个公司的人，他相信他的老板是个怪物，正在把公司的人一个个变成僵尸。Mulder自愿成为人质，也看到了那个怪物。但没有人相信，还因为他反应过激把他关进了医院。Scully后来也看见了，帮助Mulder逃过了怪物的袭击。
第20集 神童 The End
一个象棋神童遭人意图暗杀。FBI调查此案，Mulder的前搭档/女友Fowley也参与了调查。CSM没有死，被辛迪加找了回来帮助夺回神童。这个会读心术的孩子竟然是个“完整”的人类标本，他体内所有普通人类未用的基因开关都打开了。CSM最后成功了，还烧毁了X档案办公室。