第15集 我要活下去 MEMENTO MORI
原来Scully患了癌症。Mulder吓坏了，为了找治病的方法上天入地。Scully思考了好多东西。
第16集 复仇使者 UNREQUITED
一名越战老兵学会了利用人眼对光线的敏感性质实现隐身，然后去杀死越战时的几名长官，因为他们在他做了战俘的时候，下令放弃了他。
第17集 失踪的九分钟(上) TEMPUS FUGIT
Scully过生日那天，一架客机坠毁了，乘客无一幸免，1X09的Max也在这架飞机上。MS发现机上乘客的表都丢失了九分钟。进一步的调查表明，飞机的坠毁另有原因。在飞机坠毁地点附近的湖里，军队的人正在积极打捞着UFO的残骸。
第18集 失踪的九分钟(下) MAX
Pendrell 探员为Scully吃了一枪壮烈了。MS继续调查坠机事件，原来Max在飞机上为Mulder带来了alien存在的确凿证据，但飞机半途被UFO劫持，意图带走Max，这时空军攻击了UFO，双双坠毁。Scully最后为Mulder送她的礼物，阿波罗13号钥匙链赋予了深远的意义。
第19集 回到过去 SYNCHRONY
在将来研究出人类实现时间旅行方法的科学家回到现在，想要杀死自己和相关的研究者，阻止时间旅行方法被发明。因为他认为没有所谓未来的日子太恐怖了。
第20集 外星爹地 SMALL POTATOES
有个家伙受他爸爸的遗传，身体肌肉能随意变形成另一个人的模样。他利用这个特点为镇上生育有困难的夫妇带来了“福音”。但他的孩子也继承了他家的特点，有尾巴。Mulder和Scully来调查的时候，他变成了Mulder。
第21集 天花蜂 ZERO SUM
Skinner受栽赃，被怀疑杀人。CSM一伙人在做用蜜蜂传播天花病毒的实验。Marita原来也是CSM的手下。
第22集 免于恐惧 ELEGY
智障Harold在保龄球馆工作，一些在那里打球的女孩都被谋杀了。凶手是Harold所在诊室的变态护士，因为她想扼杀Harold的幸福，通过杀死他喜欢的女孩。在这些女孩遇害时，Harold能看到这些女孩的灵魂。Scully也看到了一次。
第23集 恶魔 DEMONS
Mulder梦到妹妹，梦到一个男人和自己的父母在争执，然后在一个陌生的地方醒过来，忘记了自己曾经做过什么，身上都是血。在后来的调查中，他怀疑起自己亲生父亲的身份。
第24集 真相与谎言 GETHSEMANE
加拿大一座雪山里发现了alien的遗体。Mulder欣然前去调查。但一个叫Kritschgau人告诉Mulder，所有的发现和证据都是一个大骗局，根本没有alien这回事。Mulder绝望了，举枪自杀。
