X档案分集剧情介绍：大结局
第1集 外星档案(中) THE BLESSING WAY
Scully以为Mulder死了。她被停职，还发现脖子后面有个芯片。她姐姐Mellisa被误杀了。其实Mulder还活着，在印第安老人那里接受仪式治疗。
第2集 外星档案(下) PAPER CLIP
Mulder回来了，他和Scully一起找到一个二战交换过来的科学家，根据他的说法又找到一个叫Strughold的废矿，那里有所有接种过天花疫苗的人的DNA档案。
第3集 闪电人 D.P.O.
有个家伙不怕闪电，还能控制闪电。他爱上了自己的老师。
第4集 相士杀手 CLYDE BRUCKMAN'S FINAL REPOSE
一个可爱老头儿能看到未来别人和自己的死法，Mulder和Scully找到他帮忙破相士被杀命案。谁知道杀手寻找的目标就是这个老头。孰因孰果早已无从说起。
第5集 回魂复仇者 THE LIST
一个坐上电椅的犯人扬言要回来杀死五个对不起他的人。他死后，真的有狱卒接连奇异死亡。
第6集 网络情人 2SHY
网上有人专门甜言蜜语约会身材丰满的女性，他的目的，是吸取她们的脂肪作为自己的营养。
第7集 幽灵士兵 THE WALK
一名失去了双腿双臂的士兵通过灵魂出壳来残忍的报复他的仇人，他杀死他们家人却不让他们死。
第8集 解脱 OUBLIETTE
有个人专门绑架小女孩。一个小时候被同一个人绑架过的老女孩感应到这个人的新罪行。她帮Mulder找到了藏匿点，最后却牺牲了，得到解脱。
第9集 扑朔迷离(上) NISEI
一群日本医生被杀死在火车实验室里。Mulder和Scully根据买来的录像带找到一艘据说打捞到UFO的船和一群与Scully一样遭受过劫持的妇女们。
第10集 扑朔迷离(下) 731
Mulder追踪船上的线索来到一列据说有活alien但也有炸弹的火车上，和CIA的一个家伙纠缠。Scully来到一个麻风病院发现所谓alien不过是人体试验品。第一长者出场。
第11集 天启 REVELATIONS
一个小孩出现圣痕——耶稣被钉的部位流血。一个人就要杀死这个小孩，Scully相信因为这个小孩是神选之人，那个凶手是恶魔使者，这是宗教的正邪之战。Mulder还是不信。
第12集 粪虫大战 WAR OF THE COPROPHAGES
蟑螂杀人了。Mulde调查的时候遇见研究蟑螂的小鹿一样的Bambie教授。 Scully吃醋了。
第13集 双姝奇缘 SYZYGY
行星的运行影响了两个同年同月同日生的女孩，让他们互相嫉妒生气，产生了摧毁性的力量。Mulder和Scully之间也有了类似的反应，只是不知道是因为行星还是那个想要“强奸”Mulder的白探长。Scully说“sure, fine, whatever!”
第14集 恶魔图像 GROTESQUE
Mulder的老师请他帮忙调查连环杀人案。Mulder认为是恶魔附身所为，他运用了“体验派”的调查方法，让Scully为他担心了一把。
第15集 追凶记(上) PIPER MARU海底的沉没UFO里发现了黑油，竟然能控制人类。Mulder追到了香港，遇到了Krycek。有人意图谋杀Skinner。
第16集 追凶记(下) APOCRYPHA
Mulder带着被黑油附体的Krycek回国，但中途让他跑了。后来他们找到藏匿打捞上的UFO的导弹发射基地，可惜最后被军队阻止了。只留下Krycek被关在1013号门里对着UFO作很恶心的表演。
第17集 步步危机 PUSHER
有个叫Modell的家伙可以暂时控制别人的思维。Mulder提蹲点睡着的Scully擦口水。后来，Mulder被他控制玩起俄罗斯轮盘赌，Scully担心哭了。
第18集 阿玛鲁 TESO DOS BICHOS
被挖掘出来的印第安文物不想被挖掘出来，所以博物馆里出现好多杀人猫，死了好多和挖掘文物有关的人。后来文物还是被埋回去了。
第19集 冥纸 HELL MONEY
唐人街一个有势力的组织靠抽奖的方法欺骗善良的移民，摘取他们的人体器官卖到黑市。
第20集 科幻故事 JOSE CHUNG'S 'FROM OUTER SPACE'
一对约会中的男孩女孩据说被alien劫持了。一个作家来访问Mulder和Scully调查此案的经过，发现对整个事件的描述都充斥着当事人的主观印象。连最后作家的作品都是那么的主观。
第21集 梦妖 AVATAR
和妻子闹离婚的Skinner和一个妓女搞一夜情，但是没有一夜清，第二天妓女死在了他的床上。人们认为是因为他的睡眠紊乱症又犯了。但Mulder不这么想。
第22集 湖怪 QUAGMIRE
湖区发生了几起死亡事件。Mulder兴致勃勃的带着Scully去调查，他相信是湖怪干的，但是最后他只看到了美洲鳄。精彩的湖边对话。
第23集 电视杀人事件 WET WIRED
政府在有线电视信号中非法插入额外信号暗示人的思维，让人“看到”自己害怕的事情发生。Scully受到了影响，开始怀疑Mulder和CSM是一伙。
第24集 追杀令 TALITHA CUMI
一个叫Smith Jeremiah的人能用他的双手给人疗伤，但他的行为没有引来信徒，却引来影子政府和赏金杀手。Mulder的母亲和CSM秘密会面，然后中风。Smith找上Mulder和Scully，一起被赏金杀手追杀。
