第八集 代价(The Price)
格蕾琴威胁迈克尔与自己合作，由于设备被没收，大家不得不将目标直接转到将军身上。将军组织Scylla转移，迈克尔发现Gate离“公司”存放Scylla的地方很近。罗兰背叛大家向怀亚特透露迈克尔等人的据点，企图换取金钱，但最终却被怀亚特杀掉。好在众人抓到了怀亚特。
第九集 任务完成(Greatness Achieved)
擒住怀亚特，迈克尔等人威胁他骗将军众人已死。马洪折磨并杀掉了怀亚特，总算为儿子报了仇。为获得最后一张卡，格蕾琴去找将军，希望以往的旧情能起作用。迈克尔计划从Gate的神秘房间挖管道进入“公司”，此时他的病情越来越严重。在打通水管制造通道时，巴里克为了大家牺牲了自己的性命，最终被水冲走。
第十集 传奇(The Legend)
在哀悼巴里克后，众人潜入了“公司”，了解了安放Scylla的安保情况。T-bag在Gate公司的前台女崔珊原来是谢尔夫的同伙，一位伪装的国家安全局特工。莎拉带迈克尔入院检查，被通知要马上动手术取出脑瘤。但迈克尔没有时间了，因为将军下令立即转移Scylla。
第十一集 悄悄行动(Quiet Riot)
格蕾琴企图色诱将军失败。众人的潜入行动进行中，在接近Scylla的时候碰响了警铃，将军发现了这一切，派人来组织他们。谢尔夫和崔珊发现，格蕾琴和T-bag企图把Scylla卖给华人冯。
第十二集 无私(Selfless)
迈克尔、林肯、马洪和苏克雷早就料到将军会亲自过来，在制服了将军的打手后，得到了最后一张卡。原来六张卡只是钥匙，真正的Scylla是一块高科技芯片。虽然他们被困在了“公司”中，不过此时莎拉正挟持着将军的女儿丽萨，迈克尔等人成功地带着Scylla离开了“公司”。谢尔夫拿到Scylla，给迈克尔等人发出了赦免函。然后，众人马上发现所谓赦免函只是一堆白纸，而谢尔夫此时已经带着Scylla逃跑了。
第十三集 成交不成交(Deal Or No Deal)
原来谢尔夫耍了所有人，他利用国家安全局的身份让迈克尔和林肯等人为他卖命，只是为了得到Scylla然后卖个大价钱，现在众人不得不继续逃亡。为了找到买家，谢尔夫囚禁了格蕾琴的女儿。在与买家交易时，谢尔夫发现有一小部分Scylla不见了，迈克尔早已偷偷将它藏了起来。
第十四集 交易(Just Business)
谢尔夫到处寻找着丢失的部分，T-bag负责看守格蕾琴的女儿和妹妹，却被一个“公司”伪装的杀手擒获，但他放走了格蕾琴的女儿和妹妹。迈克尔从谢尔夫处夺回Scylla，但在逃亡的过程中他脑瘤病发，最终被“公司”抓到，而Scylla也再一次被谢尔夫偷走。为了救迈克尔，林肯同意加入“公司 ”并找回Scylla。
第十五集 手术进行(Going Under)
在公司的胁迫下，林肯与苏克雷等合作开始寻找Scylla。在交易的过程中，卖家打伤了谢尔夫并抢走了Scylla，林肯与苏克雷擒获了格蕾琴与谢尔夫。公司派医生为迈克尔做脑手术，昏迷中DB Cooper闪现在他面前，迈克尔悟出了Scylla真实价值。手术成功了，醒来后迈克尔告诉莎拉Scylla是一套先进完善的太阳能利用装置。迈克尔知道林肯加入“公司”的事，随后又发现自己的母亲原来也是“公司”的一员。