第十六集 阳光之州(The Sunshine State)
林肯、格蕾琴、谢尔夫和T-bag来到迈阿密寻找Scylla，随后马洪也加入进来。格蕾琴发现买家就是“公司”的人，而且已经背叛了“公司 ”。在与卖家的激战中，格蕾琴中枪被留给了警察。此时迈克尔已经被“公司”囚禁并洗脑，希望他能为“公司”服务。迈克尔被告知自己的母亲克里斯蒂娜还活着，并且一直为“公司”工作。林肯与获得Scylla的人接通了电话，他不知道这个人正是自己的母亲。
第十七集 母亲的秘密(The Mother Lode)
迈克尔逃出“公司”的囚禁，和莎拉冒险来到迈阿密。克里斯蒂娜与林肯相见并告诉他自己计划搞垮“公司”。而T-bag和谢尔夫追踪Scylla来到一间教堂，并有意外收获。此时迈克尔和林肯由于观点不同而产生了一些分歧。
第十八集 神秘教授(VS.)
在T-bag、马洪等人的提醒下，林肯发现克里斯蒂娜另有阴谋，她甚至下令在广场狙击林肯。克里斯蒂娜拜访印度大使馆，希望将Scylla卖给印度首相之子。迈克尔发现克里斯蒂娜在等待一个简称VS的人，他从机场劫走了这位教授。此时莎拉发现自己怀孕了，但她没有告诉任何人。
第十九集 母子重逢(S.O.B)
迈克尔囚禁了自己的母亲希望获得更多信息，但克里斯蒂娜却告诉他林肯不是他的亲生兄弟。T-bag向“公司”泄露了众人的秘密，希望在将军面前获得一席之地。将军从教授口中逼出了克里斯蒂娜的秘密。印度首相之子出席高科技展会，却遭到枪杀。
第二十集 牛仔和印度人(Cowboys & Indians)
原来克里斯蒂娜真正的目的是利用首相之子被害挑起中印两国的争端，然后再将Scylla分别卖个两国。混乱中，迈克尔和林肯被困在了展会中，林肯发现自己被克里斯蒂娜陷害了。迈克尔夺回Scylla，但将军抓了莎拉，克里斯蒂娜抓了林肯，他再次面临两难的威胁。
第二十一集 兑换率(Rate of Exchange)
迈克尔需要立即决定，是要救回萨拉的命还是林肯的命。苏克雷帮助C-Note和凯勒曼(Kellerman)找到了迈克尔，这样他们才能最终获得自由。林肯发现他和迈克尔并不是真正的兄弟，迈克尔也发现了萨拉已经怀孕。
第二十二集 出乎意料的纹身(Killing Your Number)
迈克尔和林肯安排了交易的地点，并已知道如果交出了Scylla，所有知情人都无法活下来。他当面毁掉了所有的Scylla，当量活人愤怒地举枪要干掉他时，迈克尔露出他固有的自信微笑，并缓缓脱下了衣服。镜头闪回，迈克尔把Scylla内的数据全部纹在了身上，出了纹身馆后便被抓到。最终“公司”被搞垮，每个人也有了自己的结局，《越狱》在众人海边缅怀迈克尔中全剧终。