第257集--龙宫道馆,在水中战斗！
为了参加比赛，以若叶镇为目标而持续旅行的小智等人，途中来到了可以参观海边神奇宝贝同步水中芭蕾秀的会场。众人看那合作无间的水系神奇宝贝的华丽表演看到正精采时，却惊讶看到指挥这些神奇宝贝的，居然是叫做龙司的少年。他是热爱水系神奇宝贝的龙宫道馆的训练家。一行人在龙司带领下，到了耸立在海中的战斗场地。小霞知道龙司很憧憬华蓝道馆的姐姐们，决定把对神奇宝贝的爱意投注在战斗中。
第258集--乘龙之歌！
以若叶镇为目标持续旅行的小智等人，途中被空木博士托付一个重大任务。内容是要小智等人到神奇宝贝海洋研究所拿一个神奇宝贝的蛋过来。小智等人前往的地方，叫做成美的女性正在操作观测机器操作，不知在海中做什么实验。然后突然的，海中发生强大能源，大群乘龙陆陆续续的跑出来。里面还有在橘子群岛告别的小智的乘龙！据成美说，乘龙可以在海中探测到至今仍无法解读出来的旅行方法。听说秘密就在乘龙发出的声音之中。
第259集--保护蛋,在暴风雨中诞生的生命！
小智等人奉空木博士所托的使命，从海洋研究所的成美手中得到了神奇宝贝的蛋。小智抱着这个从白银山禁猎区被盗出的蛋，小心翼翼的搬运着。然而，毫无预警的，蛋裂开了。里面生出了某种东西！「传说的神奇宝贝要诞生了吗!?」一行人摒息以待。里面出现的，原来是发抖的由基拉。小智等人察觉由基拉状况不对，马上带去神奇宝贝中心治疗，可是却没有改善，由基拉的体温不断的下降。感受到由基拉命在旦夕的小智等人，使尽各种手段照顾，但是由基拉还是一直呻吟。那个晚上，小智抱着由基拉睡觉，做了一个奇怪的梦。
第260集--炎帝与温泉的同伴们！
为了让神奇宝贝蛋孵出的由基拉返回故乡，小智等人以白银山为目标持续赶路。途中在山区找到了一个温泉。在那里认识了一直梦想捉到传说神奇宝贝炎帝的旅行少年尚也。听到温泉有治疗神奇宝贝，消解神奇宝贝之间的敌意的效能，一行人马上决定让无法跟大伙打成一片的由基拉泡温泉。可是岩石系的由基拉喜欢埋砂澡更甚于泡温泉的样子。这时候死对头的火箭队又冒出来了。小智等人拼命的想保护由基拉，但是…
第261集--河马王，王者的信物
小智一行人到了一个湖泊,但是因为这个湖泊传说河水要干枯之前，河马王会出现，带领大家到一个地方，而这时火箭队看上了这点，想要把河马王抢走，到底小智他们一行人有办法解决火箭队的计划吗？
第262集--奈奈与电击怪
小智一行人与奈奈碰面了,奈奈一直追逐着电击怪想要收服.这时火箭队又出现了,他们把电击怪和由基拉给掳走了,大家拼命的寻找,可是都找不到.到底小智一行人可以把他们救出来吗?
第263集--由基拉加油
小智一行人来到了白银山山麓的神奇宝贝中心附近，并且在那里做一些参加白银大会之前的训练，可是这个时候火箭队这个时候出现，把小智他们的神奇宝贝抓走了，现在能用的，就只有由基拉了，到底小智是否能带领由基拉，把大家救出来吗？
第264集--不可思议之国的未知图腾
