第二十集A 骨肉相逢 B 神奇的蘑菇
第二十一集A 引蛇出洞 B 神秘的新同学
第二十二集A 接受新任务 B 功败垂成
第二十三集A 毒蛇和蝎子 B 风林火山
第二十四集A 宝坛 B 物归原主
第二十五集A 复仇的忍者 B 院长的小豆汤
第二十六集A 危险的行军 B 山贼兄弟
第二十七集A 密信 B 急性子与慢性子
第二十八集A 阿丸的吝啬 B 院长的稻草人
第二十九集A 保卫一年三班 B 阿丸的困惑
第三十集A 门牌被盗 B 门牌的秘密
第三十一集A 奇怪的小姐 B 本分的山贼
第三十二集A 无锅之炊 B 院长的草席
第三十三集A 忍者父亲 B 寻找父亲
第三十四集A 神秘的黑影 B 泻肚药
第三十五集A 比武大赛 B 烧毁的菜单
第三十六集A 来历不明的假币 B 力擒罪犯
第三十七集A 被盗的枪 B 德竹城之战
第三十八集A 补考 B 要回金鱼
第三十九集A 食堂被占了 B 温泉
第四十集A 黑黑不见了 B 还我黑黑
第四十一集A 宗成寺 B 战胜二年级
第四十二集A 纸老虎强盗 B 攻其弱点
第四十三集A 无聊的决斗 B 被冷落的新兵卫
第四十四集A 食堂大娘感冒了 B 赚钱有道的阿丸
第四十五集A 想当老师 B 人马术
第四十六集A 比武大赛 B 烧毁的菜单
忍者乱太郎 分集剧情介绍：
第1集 进入学院：
来自不同阶层家庭的乱太郎、新兵卫、阿丸进入了一所忍者学院学习忍术，他们很快成了好朋友，在这里他们认识了女学生阿美、阿香、阿茂。在男女生联欢会上，由于没有经验，他们遭到了女生的戏弄，挨了顿教训。
第2集 奇怪的忍者：
乱太郎他们遇到一个迷路的忍者，他丢失了要送的密函。经反复回忆，原来他把密函当厕纸用了。
院长出主意，在土井老师的教导下他们学习忍者的多种课程。吃尽苦头的乱太郎三人想办法用点心贿赂院长，结果适得其反。
第3集 消失的新兵卫：
蜘蛛子城和贺之潮城正在开战。新兵卫在训练中迷路，与贺之潮城的公子一同被抓到蜘蛛子城。乱太郎、阿丸、土并老师和山田老师乔装改扮前往营救。他们遇到不明身份的忍者宇奈仲，双方一场大战之后，发现宇奈仲是山田老师的学生。新兵卫会否得救？
第4集 快乐的黄金周：
在“黄金周”，忍者学院的学员都可以回家休息。山田老师开始给他们送作业的旅行。乱太郎为逃避作业，说有家务要做；阿丸拉着土井老师在打零工挣钱。山田老师的作业单是送不出去了。他们来到新兵卫家，发现新兵卫被其父怀疑是贼……
第5集 剑术名家花房木之介：
忍术学院遇到“浩劫”——剑术名家花房木之介前往挑战。大家推剑术高手户部老师前往迎战，结果令人啼笑皆非。
忍术学院最了不起的是谁？是女强人食堂大娘，还是院长或老师们？告诉你，最了不起的是院长的那只狗黑木黑木，它的塑像矗立在学院最显眼的地方。
第6集 潜入九之一教室：
新兵卫、乱太郎、阿丸玩球。不小心球飞到隔壁女学员的花园，砸破了山田老师喜欢的盆景。新兵卫取球时被擒。众男学员用“鬼怪术”潜入九之一教室，欲营救新兵卫和皮球。球取回了，可新兵卫又失踪了……
