第7集 超一流忍者龙王丸：
龙王丸是院长的同学,据说才貌双全,是当年的白马王子,乱太郎、阿丸、新兵卫三人代院长给他送信,见到的龙王丸奇丑无比,令他们十分失望.龙王丸让他们帮着生擒盗贼，他们同盗贼战斗，小试身手，龙王丸原来真的很英俊，他的变身术十分高明。
第8集 比武大赛：
忍术学院举行了比武大赛，胜者可免交一年学费。乱太郎、阿丸、新兵卫三人历尽周折，终于帮最需要钱的阿丸取得了冠军，他们的友谊也散发出光辉。
第9集 秘使新九郎：
榆树城和松蘑城交战了。乱太郎三人代受伤的秘使新九郎前往松蘑城送一封议和信。一路上他们被人设计阻挡，而他们克服了重重困难，终于将信送到。
第10集 不会游泳的海盗：
一个晕船兼不会游泳的海盗只好改行当山贼。乱太郎他们教会了他游泳并送他回海上。结果，他又回到山里，为什么？原来……
第11集 巧遇不速之客：
一个职业杀手不识地图，错把忍术学院当成竹笋城，将山田老师当成了同名的谋杀对象。
男女生编成小队混合操练，他们的任务是上厨房偷食堂大娘的菜单。一番辛苦后，菜单是偷到了，他们却不得不吃烂菜和鱼刺。
第12集 蘑菇山历险记：
乱太郎三人迷路了。在蘑菇山，他们遇到了山贼洪田。洪田因为长相凶恶，不得不改行当了山贼。乱太郎他们帮他剪发修面改变了形象，重新开起了茶馆。
花房术之介再次挑战户部老师。大吹大擂的他原来不堪一击，乱太郎出手就将他击败了。
第13集 爸爸的仇人：
一位老奶奶念念不忘寻找六十年前的杀父仇人。乱太郎为帮她，去调查乱气流道场她的仇人仲口水塘，却发现是一场误会。老奶奶为此虚度了六十年的时光。
院长出主意，众人要度暑假必须解一道难题。乱太郎他们在解题中又学到了不少忍者的知识。
第14集 院长的字画：
院长办公室的字画接连被毁坏。乱太郎他们所在的一年三班负起破案的任务。作案者原来是院长自己。
阿美的父母听到了“神的御告”，“神”让他们将阿美嫁给一个路过的和尚。一番调查之后，在家发现是院长的朋友，会“变身”的龙王丸捣的鬼，乱太郎他们找来了龙王丸的太太……
第15集 舞竹城主：
在这一集里，乱太郎、山田老师等人帮舞竹城主用计谋夺回了被侵占的舞竹城。
第16集 第三协荣丸的船：
不会游泳的海盗又回来了，这一次他丢失了他新造的船。乱太郎一行找到了偷船贼棉田八方斋的老巢，设计炸毁了他从船上偷的石火炮，夺回了协荣丸的船。
第17集 新兵卫的烦恼：
新兵卫和阿丸为了小事闹上了小矛盾。新兵卫寻找“好朋友护身符”，想恢复和阿丸的友谊。山本老师用“变身术”化身为一个老奶奶，给新兵卫以启迪。他们三人的友谊更加牢固。
秋天是考试的季节，乱太郎、阿丸、新兵卫想尽办法考试作弊，土井老师却将考场挪到室外。
第18集 大家的烦恼：
乱太郎一行去三馆城寻找过卫门被夺走的家传宝刀“极乐丸”。他们用“调虎离山”计潜入城中，找到了那把宝刀。却看到三把怪刀引发的一串怪事。