第三十八回显达之门
得知武藏在江户柳生家后，阿通伤心的告别照顾她多时的兵库介赶赴江户，但还是晚了一步。此时武藏已前往酒井备后守大人府邸面谈，但武藏等了一整天，酒井却告知他因阿杉向其他老中告状，使得武藏仕宧一事告吹，武藏在帮酒井绘下一幅画后，悄然离去。伊织伤心之余愿与阿通相认，后来受阿通温情的感动，两人终于冰释。
第三十九回独行道
武藏在将军家的仕途无望，就从江户及亲近友人面前消失无踪。为了解惑，原本闭关山中的他，后来又出现在乡里中，而心中的疑惑也越来越加重。有一天他不知不觉的来到了自己的故乡，这里的景物依稀，几乎完全没有变。回到睽违已久的家中，他竟然发现原以为已去投靠亲戚的姐姐阿吟竟然还在家里面，而且她明天就要出嫁。感到非常愧对自己姐姐的武藏，不敢见阿吟就离开了。后来他在路上碰到与愚堂和尚正在进行修行之旅的又八，他已经洗心革新，改变了很多。当武藏得知又八的师父是着名的愚堂和尚，便要求愚堂和尚为他解惑，结果愚堂和尚留下了一句话，还将他框在一个圈圈里面，要武藏想通这一席话以后才可以离开圈圈。
第四十回苏醒之剑
为了要解决疑惑，武藏反覆思索愚堂和尚所说的话，最后他终于想通，他发现自己只有继续战斗，才能够继续生存下去，身为一名剑士，他的人生就等于战斗。于是为了锻练自己，他彻底消失了踪影一年半之久，一直在山中闭关修行。后来武藏出关下山，开始寻找佐佐木小次郎，以实现与其决斗的约定。正当他出现在佐佐木家附近的时候，碰巧遇上以前曾经与他决斗而落败的京八流师父吉冈。自从败在武藏手下以后，他便剃度为僧，现在到处云游四海。当他知道武藏想与小次郎决斗一事，便出面开始阻止，但是武藏与小次郎却执意要进行这场决斗，于是两人说好日期，只等决斗之日来到。
第四十一回阿通受难
武藏与佐佐木小次郎，已经订下决斗的日期，两人也为了这场决斗，做着最后的准备。因为还有一个月的时间，长冈佐渡（田村高广饰）说服武藏，这个机会去看看阿通。原本不答应的武藏，经过长冈的说服以后，终于答应去见阿通。没想到武藏来到阿通养病的荼店，却得知姐姐阿吟重病，所以派人来接阿通去见她最后一面的消息。这对武藏言可说是晴天霹雳。于是他便马上启程去找姐姐阿吟，不过却发现阿吟安好无事，而且阿通也不在阿吟家。原来是本位田的阿杉婆婆所设下来的圈套，她为了要阿通跟自己住，才会想到这意。后来阿通得知阿杉婆婆的古心，所以答应与其同住。没想到半路上权叔（今福将雄饰）说要放走阿通，阿杉婆婆非常生气，权叔与阿通也不慎跌入山崖。
第四十二回世之潮路
武藏将掉入山谷的阿通救起以后，就一直待在姐姐阿吟的夫家照顾阿通。不过眼见与小次郎的决斗的日子就要到来，虽然十分不舍得离开阿通，但是为了遵守决斗的约定，所以武藏只有忍痛启程。武藏为了搭船来到，然后在这里与旧识泽庵师父、光悦、莲庵相遇。
第四十三回旧时战友
武藏与佐佐木小次郎决战的日子已经快到了。为了确定武藏是否如约前来，细川家派了许多家丁在各地的港口看守，但是却迟迟不见武藏的踪影。为了隐人耳目，其实武藏已经秘密来到小仓，但是小次郎却完全没有发现。武藏在海边思考接下来要怎么做的时候，突然发附近有人一直注视着他，对方似乎是细川家的家臣。后来经过一番询问以后，发现这些武士竟是以前曾经在关关之战中，与武藏并肩作战的新免六人帮。原来他们在战争结束以后颠沛流离，最后才投靠细川大人。能够见到旧时的战友，武藏感到非常高兴，而新免六人帮看到武藏如今出人头地，更是感到十分荣耀。此时在另外一艘上，阿通正抱着重病赶来见武藏，她是否能在决战之前及时赶到呢？
