剧本围绕小主人海婴、默默及周围水族动物在海洋世界中，所发生的各种各样的惊心动魄、浪漫感人的故事。塑造了一个个善良、勇敢、诚实的人物形象。并通过他们所经历的充满奇趣、幻想的历险，表达了积极乐观，不畏艰险的主题思想。
虽然充满了各种神奇的历险，却始终贯穿着海婴寻找母亲，拯救母亲的情感主线。通过无数次磨难、相见与分离，淋漓尽致地展现了母爱的伟大和孩子对母爱的渴求。
故事不仅展现了人类世界，还展现了海洋世界和神的世界。小女孩海婴以自己渺小微弱的身躯冲向大海深处，寻求制服烈焰魔王的法宝，可见她对人类和自然的爱。以鱼兄弟为主的海族动物们，虽然顽皮淘气，但能不惜生命地帮助海婴完成使命，其中也蕴含着它们保卫生存家园的信心和决心。在明慧仙子，魔卡等人构筑的神的世界中，爱与和平也永远是不可战胜的正义力量。
成长是本故事要表现的另一个重要主题。人总是要经历事情才能成长的，如果一个孩子一直处在温暖的安乐窝中，随着岁月的流逝，成长的只能是身体，而他的心灵将永远封闭停留在原始的状态，不得开化。剧中的小主人公海婴从小生长在渔村，无忧无虑，突如其来的危险把她带入了接连不断的经历中，从此她也开始了充满艰辛和挑战的成长历程。
在情感方面，海婴由开始不知道母亲是谁的追问疑惑，到确定自己身世后的不倦寻找，再到和母亲相遇却不能在一起的生离死别，最后到化小我为大我、全身心投入到拯救渔村拯救大海的战斗中，这个过程里，海婴的情感一次次地受到打击，又一次次地坚强起来，逐渐地，海婴不再是那个幼稚脆弱的渔村姑娘，而成长为一个敢于面对邪恶，敢于面对挑战，敢于面对悲欢离合的可爱小英雄。
其他人物，比如默默、兄弟鱼等，也在跟随海婴的路上不断地磨练，不断地发现自我和重建自我，改变了曾经的懦弱、狭隘和不懂事，成长为有勇气，有智慧、有人（鱼）格的一群。当然，除了心理的成长，体格的成长也是自然而然的，小主人公们出生入死，风里来雨里去，必定也会成长出一副好体魄！
动画片《魔幻仙踪》详细剧情介绍：
一艘能变形下潜的寻宝船——“卡拉屯号”，在沙漏巫师的带领下来到了传说中满载宝藏的海盗船——东巴号沉没的地方。经过一番惊险的打捞，船员们获得了数不尽的金银财宝，但是与此同时巫师也得到了他苦心寻找的魔法球。魔球出世，大海震荡！魔法球告知巫师一个惊人的秘密，那就是在仙女之城中封存着一本终极魔法书，得到它就可以成为世界的主宰，然而要打开仙女之城，必须得到打开仙女城城门的钥匙——渔村的小女孩海婴。
巫师为了实现自己的野心，篡夺了寻宝船，把寻宝船变成了海盗船。他把船长扔进了大海，自己取而代之，然后驾驶着海盗船朝渔村而来。渔村这天正在举行盛大的渔火节，每到这天母亲们都给自己的孩子编织“平安结”，挂在脖子上祈求平安。海婴没有妈妈，她自幼和爷爷一起相依为命，自然也就得不到平安结。爷爷知道海婴难过，决心到海上打捞漂亮的贝壳，送给海婴。
正好，淘气的兄弟鱼来到渔村附近的海域，被爷爷一网打了上来，爷爷看着漂亮的两条鱼，心中高兴，决定把它们当作孙女海婴的礼物。海婴得到兄弟鱼很高兴，带着兄弟鱼参加渔火节的赛鱼大赛。海婴和兄弟鱼密切配合，精诚合作，经过不懈的努力，海婴和鱼兄弟终于取得了赛鱼节的冠军！海婴把赛鱼冠军的奖品——新雨蓑送给爷爷，爷爷十分开心，以后他每次出海打鱼，再也不怕风吹雨淋了。
巫师继续驶向渔村，海浪精灵化作巨浪向海盗船袭来，想阻止巫师，但是海浪精灵的力量毕竟微弱，巫师用魔法驱散了她，大船从海浪精灵身上开过……
海浪精灵阻止不了巫师，只好把一个护身符——仙女结送给海婴，仙女结让海婴有了神奇的能力，不但可以通晓海洋生物的语言，而且能在深海中自由的活动，海浪精灵正要告诉海婴更多的信息，巫师却通过魔法阻止了她。海婴有了仙女结听懂了兄弟鱼的说话，他们成为了好朋友，海婴决定放它们回大海。
就在这时，巫师已经抵达渔村，他乔装成江湖艺人到渔村来抓海婴，懵懂不知的海婴被骗到海边，巫师正要对海婴下手，恰好来找兄弟鱼的海龟奶奶来到岸边，正好拔刀相助，运用太极弹飞了巫师。巫师抓海婴不成，恼羞成怒，命令手下攻打渔村，一定要抓住海婴。邪恶的巫师带领海盗船来到渔村，要抓海婴。在爷爷带领下，村民们加入了保卫渔村的战斗……
巫师抓住爷爷，威胁村民再不交出海婴，就要把爷爷饿死！海婴她挺身而出，用自己作为条件，救了爷爷。悬崖，海婴无路可退，眼看就要被巫师抓住。突然，海婴勇敢地跳向波涛汹涌的大海，所有人都惊呆了，爷爷发出痛苦的呼喊。然而，奇迹发生了，在平安结的保护下，海婴不但没有死，而且居然可以自由地在海底游动，无拘无束！海婴再次逃脱，巫师又想出一个鬼主意。
在魔球的帮助下，他研究出一种新的巫术，那就是找到海婴的脚印，然后对脚印施魔法，海婴就会象中邪一样，乖乖走向巫师，自投罗网。巫师派出了原来船长的孩子——默默。默默在巫师的控制下，装成逃跑的海盗，来到渔村。默默讲述了自己被逼为海盗的痛苦经历，引来了孩子的同情，海婴更提出收留默默。默默和海婴建立了友谊，但是默默却将海婴的脚印交给了巫师。巫师终于抓住了海婴，得到了通向仙女城的钥匙，他命令调转航向，驶向仙女之城。
在海盗船上，海婴成了船上的苦工，擦甲板，收拾房间，还要给海盗们做饭，受尽苦难和折磨。然而，海婴却在无意间发现了一个秘密，原来巫师让海婴端汤给大家喝，海浪精灵化作浪花打翻了汤盆，海婴突然发现洒在甲板上的汤变成了一滩污秽的黏液……海婴这才明白巫师是用施了魔法的汤控制大家的。海婴让默默不再喝魔汤，默默恢复神智。
他们开始制定逃跑的计划，默默改造了海盗船，让它在关键时刻出故障，然后又制作了一只逃跑用的舢板。而海婴偷走了魔球，这样巫师就无从知道他们的方位了。一切准备就绪，海婴和默默趁巫师熟睡之际驾驶舢板，逃离海盗船。两人乘坐舢板，在海浪精灵的簇拥下，飞速前进！巫师施魔法刮起强风，企图阻止舢板。舢板几乎被风吹倒，默默迅速改变装置，奇迹般地把舢板变成了滑翔机，借着巫师的顺风，滑翔机飞离水面，冲向天空……
