相反其作为还为日方出了力，这点甚至得到参加谈判的日方代表的承认。4月17日，李鸿章被迫在《马关条约》上签字。
科士达随李鸿章回到天津后，感到《马关条约》对中国损害太大，担心清廷不批准条约，又亲自给清政府的总理衙门写信，赞扬李鸿章在日本谈判非常成功，夸奖李为维护国家权益“力辩强争，笔舌并用”。随后，科士达受李鸿章之托赶赴北京，游说总理衙门，要求尽快批准《马关条约》。
到了月底，科士达为早日拿钱回国，就交割台湾之事屡劝李鸿章不要拖延。6月2日，科士达陪同李鸿章的儿子李经方，在台湾基隆外海的日军舰艇上，与日方代表完成了割让台湾的手续。
据估算，日本当时一年的财政收入为7000万两白银，得到中国两亿人每人赔1两银子的赔款后，全国民众不作任何生产可以躺着吃3年。可见这次谈判给中国造成的灾难之重。更令人愤慨的是，日本将中国8成以上的赔款用于发展军工产业。
漫天要价
科士达从台湾一回到北京，就狮子大开口，向清政府索要20万两白银的天价报酬。清政府当时是匆忙决定聘请科士达的，总理衙门也作了给他付报酬的准备，等他来华后再商谈。仅仅几个月后，科士达竟要价这么高，总理衙门的官员感到难以承受。
由于在报酬问题上谈不拢，科士达找田贝协调。经过反复磋商，清政府最后同意支付15万两白银。当时清政府一品大臣年薪只有300多两银子。科士达没再纠缠，很乐意地接受了。
据有关史料记载，科士达在中国发了这笔国难财后，就成了印第安纳的大富翁。他用这笔钱做了两个大买卖：一是在美国著名的安大略湖风景区购置大量房产；二是大举投资华尔街金融业，并成为多家大银行的董事。
科士达的后人有两个是美国知名人物。一个是他的女婿兰辛，做过美国总统威尔逊的国务卿；一个是他的外孙、有“战争贩子”之称、极端仇视新中国的杜勒斯。杜勒斯的童年大半在科士达家度过，他到了晚年，还经常津津乐道少年时代在科士达家过的奢侈生活。
令人不解的是，到了1907年，吃过大亏的清政府竟又将这位过气的政客请到中国来，作为清政府的代表，出席第二次海牙国际会议，让科士达再捞了一笔。原因无他———清政府没有懂国际法的官员，一些西方政客抓住此点，经常羞辱参加国际活动的清政府官员，以致清政府的官员对参加这类国际会议非常畏惧。