秦陵工程的设计者不仅在墓地的选择方面表现了独特的远见卓识，而且对陵园总体布局的设计也是颇具匠心。
整个陵园由南北两个狭长的长方形城垣构成。内城中部发现一道东西向夹墙，正好将内城分为南北两部分。高大的封冢座落在内城的南半部，它是整个陵园的核心。陵园的地面建筑集中在封土北侧，陵园的陪葬坑都分布在封冢的东西两侧。形成了以地宫和封冢为中心，布局合理，形制规范的帝王陵园。
秦陵地面上的主要遗迹就是那座高大如山的封冢。当年那长达20华里的内外夯土城垣早已残缺不全了。现在能看到的只有内城西墙残存的一段城墙。还有当年那一座座宏伟的地面建筑早在两千多年前就遭到项羽的焚烧，幸好地面建筑的废墟还没有完全破坏。考古工作者在这些废墟上进行了钻探和发掘，从而确定了建筑遗址的位置和规模。经过多年的勘探与试掘，发现秦始皇陵园的地面建筑主要分布在封土北侧和封土西北的内外城垣之间。封土北侧的地面建筑群目前已探明的有三处，其中靠近封土的一处建筑规模较大，形制讲究，似为陵园祭祀的寝殿。寝殿之北还有两组规模较大的建筑群，亦为寝殿。封土西北的内外城垣之间还发现一个地面建筑群。依据目前清理的三组房屋建筑来看似为 官建筑。 宫建筑遗址的南北侧、西侧还有几组尚未发掘的地面建筑，这个区域似乎也是一个的建筑群。
陵园的陪葬坑与陪葬墓基本上分布在封土西侧内外城垣之间。31座珍禽异兽陪葬坑就是位于封土西侧的内外城垣之间。还有一座大型马厩陪葬坑、61座空墓坑和一座甲字形陪葬墓也分布在封土西侧的内外城垣之间。封土东侧考古工程者先后发现了两处陪葬坑和一处陪葬墓。这些陪葬坑与陪葬墓都分布在外城垣以东。17座甲字形陪葬墓相别具匠心外城垣350米，90余座马厩陪葬坑相别具匠心外城垣400米，西距外城垣1225米处就是著名的三个兵马俑陪弄错坑。西与兵马俑相邻的还有一座甲字形大墓。这是封土东西两侧陪葬坑与陪葬墓的分布布情况。此外，在地宫四周的墓道附近钻探了一些陪葬坑。除西墓道旁的铜车铜马坑之外，其它陪葬坑的内涵尚不大清楚。
秦始皇陵园的总体布局与其它国君陵园相比有以下显著特点：
一、在布局上体现了一冢独尊的特点。过去发现的魏国国君陵园，其中并列着3座大墓，中山国王陵园内也排列着5座大墓，秦始皇陵园内只有一座高大的坟墓，充分显示了一冢独尊的特点。而其它国君陵园的布局则显示了以国君、王后、夫人多中心的特点。这一区别正是秦国尊君卑臣的传统思想在陵寝布局上的反映。
二、封冢位置也有别于其它国君陵园。其它国君陵园大多是将封冢安置在回字形陵园的中部，而秦始皇陵封冢位于内城南半部。有的先生以为这是按照"以西为上"的礼制安排的。从陵园总体布局来看，始皇陵封冢并不在西半部。封家围起于陵园南半部的原因正是封家"树草木以象山"的设计思想决定的。
