永乐五年(1407)五月，义满派遣僧人坚中圭密等来朝贡时，又献所获倭寇等，明成祖赐敕褒谕其"忠贤明信，恭敬朝廷，殄灭凶渠，俾海滨之人咸底安靖。"然而，明朝为抑制倭寇骚扰而对日本实行的羁縻政策，付出了巨大的经济代价，因每次朝贡都伴随着进行一次大宗的贸易，且不说对其贡物以高于几倍的价值予以赏赐，即使是贡使进京，沿途往返的车、船、食宿均由官府供给，那也是一笔非常大的开支。
据《日本一鉴》记载："入朝者沿途往还，给支廪粮之外，每人肉半觔，酒半瓶......若至会同馆，该光禄寺支送常例，下程每人日肉半幼、酒半瓶、米一升、蔬菜厨料；若奉钦赐下程，五日一送，每十人羊、鹅、鸡各一只，酒二十六瓶、米五斗、面十二觔八两，果子一斗，烧饼二十个、糖饼二十个，蔬菜厨料。"日本贡使在《允澎入唐记》中也记载：当他们在宁波将解缆启程回国时，还由"市舶司给海上三十日大米，人各六斗。"当时允澎一行人贡人员多达千余名，供给的粮食总量估计应在六百石以上。
鉴于这种种原因，故明朝对日本的朝贡不得不实行各种限制，如永乐二年(1404年)规定其十年一贡，船限两艘，人限二百，违例则以寇论。宣德元年(1426年)因入贡的人、船均超过限数，运来的刀亦太多，因此重新规定贡船不过3艘，人数不过三百，刀不过三千，不许违禁。[26]但实际却很难执行，如宣德八年(1433年)入贡的日本船5艘，刀3052把；正统七年(1442年)，入贡船9艘，人数达千余。景泰四年(1453年)入贡的船9艘，刀9900把。至于入贡人数，据上述《允澎入唐记》所载，也多达千余名。
出现这种现象的原因，大概是日明双方对朝贡贸易的理解不一样。对于明朝来说，实行朝贡贸易是对海外国家的一种"羁縻"手段，目的是消除"衅隙"，抑制扰边事件的发生；而日本却将之看作是一种营利之机，甚至成为他们国家重要的财政收入来源，如日本学者臼井信义在《足利义满》一书中写道："义满鼎盛期的北山时代最重要的财政收入来源，实际就是和明王朝的贸易。"
因此，双方在政治目的与商业利益上就形成了矛盾。日方每次派来朝贡的人员，一般是正使、副使各一人，居座、土官、通事各数人，其他还有船员、水手以及搭乘的随从商人等等。在朝贡贸易实行初期，由于朝贡船是由幕府、大名、寺社等自己经营，故随从的商人数量还比较少。
但到了后来，朝贡船全部承包给了博多和堺港的商人，因此随从的商人数量便大大地增多，商人已从搭乘转变成为朝贡贸易的主体。他们不仅想通过朝贡贸易来赢取厚利，而且把某种资金的筹集也都寄托在这上面。如正统十二年(1447年)，日本京都天龙寺遭受火灾后正兴工重建，为筹集营建费，在景泰四年(1453年)入贡的9艘船中，最重要的3艘：1号、3号和9号船都是由天龙寺派遣。由此可见，日本派出的朝贡船是由商人承包，他们入明朝贡纯粹是为了营利，故其船数、人数及货物量不断增多是在情理之中。
