三
中日之间朝贡贸易关系终止后，中国东南沿海一带全面遭到倭寇的骚扰。"数千里间受其荼毒，所焚劫子女、金帛、庐舍以数万计，所杀将、吏、士、民以数千计，所陷城邑、卫所、乡镇以数十百计。"这就是历史上所谓的"嘉靖倭患"。自此之后，明朝即严海禁，调兵将，在东南沿海掀起一场剿灭倭寇的大规模战争。
至嘉靖末年，倭患基本平定后，明朝统治者不得不考虑改变原先实行的海禁政策，批准福建巡抚涂泽民的奏请，于隆庆元年(1567年)在福建漳州海澄月港部分开放海禁，准许私人申请文引，缴纳饷税，扬帆到海外贸易，而对日本的贸易却仍然实行严禁。
但是，此时的中日贸易走向已发生了变化，即不像原先那样，有众多的日本商人来到中国沿海从事走私贸易，而反过来是大量的中国商人涌向日本贸易。出现这种变化的原因，与当时中日两国的贸易政策演变有着密切的联系。
在中国方面，既已准许私人贸易船出洋贸易，要再像开禁前那样禁止往日本贸易已不大可能，因往日本贸易的赢利远远高过往东南亚各地贸易的收益，故海外贸易商为利所诱，往往借口到其他地方贸易，待商船出海后再转向驶往日本。即所谓的"托引东番，输货日本"，"以暹罗、占城、琉球、大西洋、咬留吧为名，以日本为实者，丝宝盈桁而出，金钱捆载而归。"当时的同安名士洪朝选就描述过这种情况："漳人假以贩易西洋为名，而贪图回易于东之厚利近便，给引西洋者不之西而之东，及其回也，有倭银之不可带回者，则往澎湖以煎销，或遂沉其船，而用小船以回家。"
当时任福建巡抚的许孚远在奏疏中也写道："同安、海澄、龙溪、漳浦、诏安等处奸徒，每年于四、五月间告给文引，驾驶鸟船称往福宁卸载，北港捕鱼，及贩鸡笼、淡水者，往往私装铅硝等货潜去倭国，徂秋及冬，或来春方回。亦有藉言潮、惠、广、高等处籴买粮食。径从大洋人倭，无贩番之名，有通倭之实。"
在日本方面，1590年丰臣秀吉完成日本国内的统一后，即设立一种"朱印船"制度，准许这些朱印船到东南亚各地贸易。
据记载，1592年由他批准到东南亚各地贸易的朱印船有9艘，即由长崎出航的末次平藏2艘、船木弥平次1艘、荒木宗右卫门1艘、系屋随右卫门1艘；由堺港出航的伊豫屋某1艘；由京都出航的茶屋四郎次郎1艘、角仓与一1艘、伏见屋某1艘。这些船分别航行到吕宋、澳门、安南、东京、占城、柬埔寨、六坤和大泥等地。
1600年德川家康通过关原战争确立在日本的统治地位后，也极力鼓励和发展这种"朱印船"制度，在1607年至少有23艘日本船在从事海外贸易，博多商人最后成为这种贸易的主要拥有者，但朱印船也有属于各大名、政府官员、在日本的外国侨民，甚至宫廷女子所有或承包。这些朱印船最常去的地方是印度支那，在那里他们可以买到由中国商船载运出去的大量中国生丝和丝织品。
