我在校期间，与单位签订培养协议，协议要求我毕业后到单位工作至少5年，否则要交纳 培养费和违约金共2万元并且不能在该行业就业。
上班之后签了一个合同，2007年8月9日生效，2008年12月31日终止。而我在2008年8月底提出辞职并提交辞职报告，公司不批准。之后我就没上班，工资停发。2009年3月公司说同意辞职，说要再交一份辞职报告，我交了然后他们要求交纳培养费和违约金，我一直没有办理。
公司如果申请仲裁要求我支付以上费用的话，有个仲裁时效的问题？应该从什么时候算起，到什么时候终止？以哪个辞职报告为准呢还是以什么为准？或者到时他们会不会不承认我交过辞职报告？因为我没保存相关证据。
是不是过了仲裁时效，公司就不能跟我提出赔偿要求了？
在你与公司的劳动关系中，存在着较多问题，具体表现在：
1、“在校期间，与单位签订培养协议，协议要求我毕业后到单位工作至少5年，否则要交纳 培养费和违约金共2万元并且不能在该行业就业。”具有法律效力，双方应共同信守。
2、由于该协议是在校期间与单位签订的，通常情况下终止于到单位报到并签订劳动合同时。而你与公司在上班后签订的劳动合同的起止时间，是2007年8月9日至2008年12月31日期间。有效期仅为一年零四个月，应视为公司对原培养协议的修正，双方的权利义务，应严格信守劳动合同的约定。
3、你在2008年8月底提出辞职并提交辞职报告，属于违约行为，公司有权不予批准。之后你就没上班，公司应就你的擅自离职问题追究你的相应责任（包括缴纳培训费和2万元违约金等）。但公司并没有这么做，而是仅仅停发了工资。
4、2008年12月31日劳动合同到期，双方劳动合同终止。公司既没有与你续签劳动合同，也没有向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，请求追究你的违约责任，应视为公司放弃了追究你的权利。
5、合同到期后，公司并未按《劳动合同法》第五十条“用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续”的规定办理，侵害了你的合法权益，应承担《劳动合同法》第八十九条规定的“用人单位违反本法规定未向劳动者出具解除或者终止劳动合同的书面证明，由劳动行政部门责令改正；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任”的法律责任。
6、自2009年1月1日起，你已经与公司不存在劳动合同关系，何来的“2009年3月公司说同意辞职?”公司有什么权利要求你“再交一份辞职报告？”而你又是为什么按照公司的要求，递交了辞职报告？
基于以上分析，你违约在先，但公司并没有行使法律赋予的权力，追究你的相应责任，且在劳动合同终止后，未按规定为你办理相关的解除劳动合同手续等，侵害了你的合法权益，你有权要求公司赔偿由此给你造成的经济损失，而不是停留在你是否需要向公司支付培训费及违约金问题上，岂不是本末倒置?!
慢慢斟酌吧。
公司如果申请仲裁要求我支付以上费用的话，有个仲裁时效的问题？应该从什么时候算起，到什么时候终止？以哪个辞职报告为准呢还是以什么为准？或者到时他们会不会不承认我交过辞职报告？因为我没保存相关证据。
是不是过了仲裁时效，公司就不能跟我提出赔偿要求了？
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1、劳动争议调解仲裁法自08年5月1日开始实施，你说的情况应当适用这部法律。
2、提出仲裁的时效为1年，你提出了辞职，公司就应当知道权利受到了侵害，时效即开始计算。看一下法条：
第二十七条 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
3、如果公司掌握管理的一些证据，他们应当提供，否则要承担不利的后果。参考规定：
第六条 发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。
实体法有追溯时效限制，程序法没有。
