1942年12月，改进的Ki48-2试飞，速度有一定增加和加设了装甲，逐步取代初期型在南太平洋战区作战，1944年10月停产，各型共生产1977架。
战争后期，Ki48大部分用于中国战场，在南洋与本土也有部分使用，1945年仍然被应用于冲绳之战，对美军进行夜间偷袭。白天则充作自杀飞机使用，在充作自杀飞机时，机头上固定一根很长的触发杆，以便在冲击美军舰艇时引爆机内800KG炸弹。也有少量改为伊1甲空对舰导弹的试验载机和喷气发动机的空中试验平台。
飞机资料 （99式双发轻爆击机 2型乙 [Ki48-2乙] ）
翼 面 积：４０．００ｍ2
自 重：４，５５０ｋｇ
最大重量：６，７５０ｋｇ
最大航速：５０５ｋｍ／ｈ（高度５，６００ｍ）
续航距离：２，０００～２，２６０ｋｍ
螺 旋 桨：3叶定速螺旋桨
发 动 机：标称1100马力 中岛2式（HA115）复列星型气冷14缸发动机 ×2
乘 员：4名
武 装：7.7mm旋回机枪×4 航空炸弹 ５００ｋｇ
总生产数：1977架
主要型号
Ki48： 原型机，装中岛99式（HA25，标称950马力）发动机
1型甲（Ki48-1甲）： 初期生产型。7.7mm机枪×３，载航空炸弹400kg
1型乙（Ki48-1乙）： 1型的后期生产型。机内设备更新，机身做了改进
2型（Ki48-2）： 使用中岛2型（HA115）发动机的原型
2型甲（Ki48-2甲）： 载弹量增加可携带800kg炸弹的2型初期生产型
2型乙（Ki48-2乙）： 主翼下安装了速度限制设备，可实施俯冲轰炸的型号
2型丙（Ki48-2丙）： 2型乙的自卫火力强化型，用1挺13mm旋回机枪取代了1挺7.7mm旋回机枪
