在日本袭击珍株港后，海军作战行动总指挥发出第一个美国作战指令，仅有一行字信息，对日发动无约束空海战。既没接受过训练，也没有学习过理论的美国的潜水兵准备去执行命令，对日发动一场无约束战争，潜水员受训参与一种特殊战斗，其将重点放在打击敌人舰队的日常侦察行动上。潜艇指挥官思想意识被他们应遵守道德战术这样一种想法所充斥，这种战术是基于国际条约规定的海洋战争规则，这些规约对潜艇施加法律约束。在每一个潜艇船长记忆中要加强认知的是发现任何违规船只都可以将其做为海盗船进行追捕，抓获，击没。
战争早期，在战区指挥官权威领导下的海军军事作战行动，进一步加剧了潜艇作战时所面临的组织及战术问题。参谋长道格拉斯麦克阿瑟将军认为潜艇最好是应用在支援渗透行动中，因为在援助科雷希任务中，他们已经证明了这一点。在菲律宾渗透行动时期，存在一系列领导和组织上失误问题。潜艇在港口花费数星期等待从麦克阿瑟将军发出命令，而没有在敌军水域采取军事行动，破坏日本的商业交通。
在1942年的4月，查尔斯洛克伍德将军负责掌管亚州潜艇部队，并立即彻底检查指挥结构。洛克伍德将潜水军重组成海军，并直接控制他们。他将薄弱的逻辑命令决策与这些过于谨慎潜艇军指挥官相结合使用，但这种决策无法进入到将敌船进行成功击没的范围。他们很少显示出主动性或杀手本能并坚持独自按书上发出火力的解决办法，当他们攻击敌船时，所用的鱼雷飞窜到他们选定的地点下十英尺处，他们被错误的磁性和碰触性爆炸所困扰，因此，三分之一的潜艇长在战争第一年被解除职位。
在所有的变化中，新的海军将领用于提高美国潜水军的作战效能，最重要的变化可能就是用一个背负援助特殊军事行动的特殊任务替换特定的潜水作战计划，并采取特殊军事行动的原则很简单，在敌战区中潜艇必需在不被发现的情况下完成它的任务。如果潜艇准备与敌人相接触，它必需从对它自己有利的角度出发，完成袭击之后，潜艇必需消失，制造出一种未知的兵力在进攻敌人的幻影。
特殊任务是很困难，因为要求潜艇多次深入到敌占区中去，那要比平常巡逻战危险得多。随着战争的肆虐，各种特殊任务都要求潜艇来执行，这些任务一般分成几种类型：侦察，供应，疏散或救援，运送海岸观察员和情报人员，救生工作，采矿，天气报告，援助突击搜查，或为海面的船只做为灯塔，任何指派特殊任务的潜艇所完成的任务可能不止这些任务中的一种。
由太平洋舰队潜艇执行第一项任务涉及将援助物品送到科雷希保护者那里。在敌占区情报机构信息的传递随之而来，但那些早期的特殊行动中，最有价值的是潜水军能用海岸观察员来传播信息。作为他们每天任务的一部分，在采取军事行动的区域，不要求保持无线电的沉默，潜艇报导天气，海潮和可用的导航辅助工具，敌军力量结构等相关信息。特殊作战任务向来要承受巨大危险。但是在首次任务中，进入那些未知领域的危险因为缺乏经验和先例而被夸大化。
