与此同时，军队有关部门与国务院应急办、中国地震局、民政部、卫生部、民航总局、交通运输部、安监总局等国家机关20多个部门，保持24小时不间断联系，及时协调军地救灾有关事宜。军地双方在第一时间建立抗震救灾医学救援协调机制，统一组织医疗救助。
在救灾一线，兰州军区奉命组建玉树抗震救灾联合指挥部，对进入灾区的救灾部队实施统一指挥。各救灾部队均派出指挥员参加地方相应的抗震救灾指挥机构。
这样，部队还在机动途中，一道道指令便迅速发出。进入青海的部队先遣组一进入任务区域就与地方对接；空军雷达作业分队前伸作业，保障了空中运输的安全快捷。为解决西宁通往结古镇820公里生命通道出现拥堵的问题，沿途军分区、人武部以及民兵预备役部队划分责任区保畅通，兰州军区某旅1600余官兵协助地方人员维持交通秩序。
既按作战程序指挥，又借助地方力量指挥，为打赢这场抗震救灾攻坚战赢得了先机。
讲求效益 科学指挥
与时间赛跑，与死神抗争，靠精神力量，更靠科学精神。
在这次抗震救灾联合行动中，有几个数据值得关注：北京军区某工兵团60名携带专业器材的救援分队，武警总医院30名医疗队员，震后不到13个小时就乘坐飞机抵达灾区展开救援；不到30小时，从军队后方仓库紧急调运的10万人份野战食品送达灾区；截至4月19日零时，解放军和武警部队出动兵力12693人，在高寒缺氧的条件下，没有发生严重冻伤。
玉树平均海拔在4000米以上，天气寒冷，氧气含量只有平原地区的60%左右。玉树抗震救灾一线指挥部首选把驻青海及附近的部队，以及以前在这里执行过任务的部队调往灾区，这些部队官兵适应性好，有效控制了非战斗减员。从内地调往玉树参加救援的部队，及时对官兵进行高原防护知识教育培训。在救灾实践中，官兵一方面发挥不怕疲劳、不怕牺牲、连续作战精神，一方面讲究科学，把握节奏，科学救灾。
灾区地幅比较狭窄，部队容量受限，这次抗震救灾尤其突出专业力量的作用。武警部队一位指挥员说：“救援力量要多，更要精。”一年前，军队依托国家力量，建立了总规模5万人的8支专业队伍。在这次救灾中，专业力量发挥了大作用。
目前，进村入户的搜救工作正在紧张进行，各级领导已经开始为灾区重建做准备，调集部队系统的专业建筑设计人员，协助地方做好工作，总政组织的第一批心理服务队已开始对灾区群众展开心理疏导。
