矛盾
与肖劲光个人的恩怨是拿不上台面的，高岗知道不能以此作为打击肖劲光的理由。打击肖劲光要冠冕堂皇，他找到的理由是肖对西北局地方和政府不尊重。
军队长期驻扎在一个地方，由于遭受国民党顽固派的经济封锁，边区负担重，军队困难多，军政、军民之间不可避免地会产生一些小矛盾。随着不断累积，这些小矛盾就变成了大矛盾，有时甚至紧张到了剑拔弩张的地步，其中有两次竟闹到了毛泽东那里。
一是告状案。1939年冬的一天，兵团政治部主任莫文骅到警备四团检查工作，团长陈先瑞向他汇报说，战士去借老百姓的锅，有的老乡不肯借，把锅沉到池塘里；炊事班到老乡家去做饭，老乡把烟筒堵了起来。莫文骅为此给边区副主席高自立打电报，反映有关情况，希望边区政府给予帮助。肖劲光觉得这个问题带有一定的倾向性，处理不好影响可能很恶劣，因此把这封电报同时批送给了中央领导同志。朱德总司令看了电报后，批评了边区政府。高岗不服，向毛泽东报告了此事。因此，有一天，毛泽东把肖劲光和莫文骅等人叫去，当着朱德、任弼时等中央领导同志和高岗的面，严肃地批评说：“你们军民关系不好，自己不检讨，还向中央告状！”莫文骅知道是电报出了问题，赶快作检讨，并说明电报是打给个人反映情况的，并没有向中央告状。他讲完后，边区政府一位负责同志又讲了一些部队不遵守群众纪律的事。毛主席听后说：“莫文骅检讨了，你们也要检讨嘛！”又说：“军民关系发生问题，军队应先检讨自己，军队要拥护政府，要爱护人民；你们做地方工作的，也要拥护军队，照顾子弟兵！”这样大家才不再吭声了。这是肖劲光和高岗矛盾的第一次公开化。
二是枪击案。据莫文骅回忆：1941年秋的一天，西北局组织部长找莫文骅去谈话。该部长说：“三五九旅有两位连排干部违法营业，与县大队发生冲突，在延长县政府院内开枪打了县大队的人，对此事西北局已决定，将肇事的那个连长和排长枪决。”因为莫文骅兼任留守兵团军法处长，该组织部长通知他要马上执行。莫文骅听后吃了一惊，因为他对此事一无所知，怎能立即执行？于是说：“此事我们一点也不知道，待调查清楚后再严肃处理。三五九旅属兵团代管的部队，这是人命关天的大事，我得回去告知肖劲光同志和王震同志。”王震时任三五九旅旅长。这位部长回答说：“不行！西北局已经决定了，不能改变，这是党的决定，你一定要执行！”莫文骅仍坚持先调查后处理，两人争执起来。组织部长火了，拍着桌子大声说：“莫主任，你不执行西北局的决定，你这个主任还想不想当了？”莫文骅也火了，拍着桌子说：“我不当了！”便骑马走了。回到兵团，莫文骅把此事告诉了肖劲光、曹里怀等人。肖劲光是西北局委员。他不知道此事，也不同意西北局的决定。延安城小，此事很快反映到中央去了，朱总司令出面找西北局的同志说：“莫文骅是广西人，有倔脾气，光压是不行的。要调查，讲点道理。”后来毛泽东也说话了，指示双方要进行调查。经过调查以后，证明开枪的是县大队的人，而非三五九旅的两位干部。这时，该组织部长也无话可说了。莫文骅问他：“怎么样？不是三五九旅的人开的枪吧，还枪毙人吗？枪毙谁？”对方不作声，莫文骅又说：“算了吧，回去各自作检查好了！”对方表示同意。就这样，和平解决了这一问题，救了两条人命。
检讨
两人的矛盾终于在西北局第一次高干会议上爆发了。
1942年10月10日至1943年1月14日，中共中央在延安召开西北局高级干部会议。这次会议，是用整风的精神总结陕甘宁边区的历史经验，并检查陕甘宁边区的工作。在这次会上，高岗借整风之机向肖劲光提出了严厉的批评和指责。在高岗的鼓动、撺掇下，西北局和边区行政部门的一些同志，也对肖劲光和留守兵团的领导提出了苛刻的批评意见，说留守兵团“不尊重地方政府”，“闹独立性”，甚至有人把这些上升到“军阀主义”的高度，与张国焘的“军党论”相提并论。这严重挫伤了留守兵团一部分同志的积极性。不仅如此，高岗还点名批评留守兵团司令员肖劲光，说他本位主义、个人主义严重。据莫文骅回忆，肖劲光见自己受到了高岗的无端诬蔑，一时受不了，袖子一甩，中途退出了会场。莫文骅怕肖劲光出意外，告诉了时任领导整风运动的总学委副主任李富春，李富春立即到肖劲光的宿舍找他谈心，劝他正确对待批评，肖劲光这才返回继续参加会议。
肖劲光和高岗不和的事情，最终闹到了毛泽东那里。两人一个是地方大员，中央驻地也在其管辖之中；一个是军中大将，中央要靠留守兵团吃饭。在对两个人关系的处理上，毛泽东自始至终都非常尊重地方领导人高岗，而对肖劲光进行了严厉的批评。
