在高干会议上，两人再次发生冲突的情况反映到党中央后，毛泽东非常重视。为此，他专门召见了肖劲光、莫文骅、耿飚等留守兵团的领导。毛泽东在与他们的谈话中指出：“现在老百姓敢批评军队，是件大好事，说明我们边区的民主运动深入到群众中去了。军队离不开地方的支持。部队驻在哪里，就要尊重哪里的地方政府；军队和地方关系出了问题，军队首先要作检讨；军队和地方闹矛盾，军队要多作自我批评。这是一条原则，什么时候都必须坚持的原则。”谈话近两个小时，毛泽东说得大家都心悦诚服。
在莫文骅等人离开后，毛泽东又与肖劲光作了个别交谈。毛泽东说：“你是个老同志，应该清楚我们军队的传统。部队在哪里都要尊重地方政府、尊重当地党组织。现在我们中央机关驻扎在这里，连中央决定的事情也要通过一下西北局，你留守兵团决定的事怎么能不通过西北局呢？”最后，毛泽东呵呵笑着说：“肖劲光，你是个大知识分子！” 听了这句话，肖劲光一愣，心想：我怎么能算大知识分子呢？仔细品味之后他才知道，毛泽东的话是一语双关：一是说像他这样系统地上过学，又出国留过学、喝过洋墨水的人，在当时部队里很少，当然应该算“大知识分子”；另一方面是提醒他，不要太书生气，办事情处理问题要注意灵活性，学会协调疏通各方面关系。毛泽东还劝肖劲光要经常出去走一走，到军队、地方政府以及军队和地方的领导同志中间走一走，加强联系，增进了解，发现问题，及时解决。
肖劲光经过反思，向毛泽东作了认真检讨，并主动承担了事件的主要责任。他说：“军政、军民关系方面的问题，根子在领导，在我以身作则不好，对部队教育不够。”事后，他主动向高岗作了自我批评。整风会议后期，他又就这一问题专门作了检查，深挖了思想根源。为了落实毛泽东的指示，特别是为了搞好与西北地方政府的关系，在会议还没有结束的1943年元旦前，肖劲光就责成政治部主任莫文骅组织留守兵团政治部编写了《拥护政府爱护人民讲话材料》，对部队进行拥政爱民宣传教育。与此同时，他亲自主持起草了留守兵团司令部、政治部《关于拥护政府爱护人民的决定》，并公布了包括10项内容的“爱民公约”，确定每年的2月5日-3月4日为拥政爱民活动月（这也是我军历史上的第一个拥政爱民公约）。肖劲光的善意获得了回报。听说留守兵团研究起草了《拥政爱民决定》，边区政府很受启发，也立即行动，于1943年1月15日先于留守兵团发出了《陕甘宁边区政府关于拥护军队的决定》，确定1月25日-2月25日为拥军运动月。在边区政府、留守兵团两个“决定”的指导下，陕甘宁边区的“拥政爱民”活动和“拥军”活动开展得生动活泼、丰富多采。毛泽东对这两个“活动月”十分赞赏，说这样搞很有意义，以后应坚持下去，年年搞。之后，“双拥”逐步形成制度，成为党和军队的优良传统，一直延续到今天。
纠正
肖劲光在会上的深刻检讨得到了毛泽东的认同，高岗也无话可说。但是这次会议无论是对留守兵团，还是对肖劲光个人，都产生了消极的影响，以至于许多了解事情真相的同志一直为肖劲光的忍辱负重打抱不平。这种消极影响，毛泽东是在两年以后才发现的。据肖劲光回忆，毛泽东后来曾对他说：“高干会前后调动了许多留守兵团干部的工作，挫伤了他们的积极性，在方法上是不对的。”这次调动，也包括肖劲光。
肖劲光是在高干会前就被调动的。1942年6月10日，按照中央军委的决定，陕甘宁晋绥联防军在延安成立。8月组成联防军司令部，贺龙任司令员，关向应任政委，留守兵团司令员兼政委肖劲光任副司令员。10月，高干会召开前不久，留守兵团正式合并到联防军，只是在对外的时候，才保留留守兵团司令部的番号。
陈先瑞回忆这段历史时也说：“会议后一阶段中，在对留守兵团错误的批评上，有些扩大化，上纲过高，这点我是有感觉的。我对有的人在批评中不实事求是，不讲究方法，不尊重同志的发言，是有意见的，有的甚至把批评变成了人身攻击……”
第一个出来说话的是耿飚。据他在自己的回忆录中记载：1944年秋天，他奉命离开延安之前，主动打电话给毛泽东，要求见见他。毛泽东派人回了个条子：“立即来。”于是，耿飚（当时任八路军一二九师三八五旅副旅长兼副政治委员）便约上曹里怀（时任八路军留守兵团参谋长）一同前往。耿飚之所以叫上曹里怀，主要有两个原因：一是二人同住一室；二是他们二人对中央处理留守兵团、特别是处理肖劲光的问题，有着相同的看法。
到了毛泽东的驻地，两人先谈了他们对处理留守兵团问题的三点情况和两条建议。毛泽东十分重视，连说：“很好很好。尤其是后面的建议，讲信任、讲民主，很好。耿飚同志你能不能写出来送给我。”听毛泽东这么一说，耿飚赶紧拿出早已写好的这五条意见，交给了毛泽东。毛泽东立即聚精会神地看起来。
可能是耿飚等人的反映起了作用，也或许是随着延安形势的稳定，毛泽东有时间和精力来考虑当年高岗和肖劲光的矛盾问题，总之，他对这个问题后来又做了很客观的评论。据肖劲光晚年自己回忆：“1945年7月，毛泽东同志在枣园与我进行了一次长谈。毛主席诚恳地对我说，高干会批评了留守兵团，但是留守兵团几年来的工作成绩是主要的。留守兵团有缺点错误，但性质是属于联共(布)党史结束语中第五条的性质，不是路线错误。高干会对留守兵团所做的不恰当的结论应予纠正。”所谓联共(布)党史结束语中第五条的性质，就是工作中的缺点错误。但对于这些缺点错误必须正视，勇于改正，那才是正确的态度。第五条说：“如果党陶醉于胜利而开始骄傲起来，如果它不再注意自己工作中的缺点，如果它害怕承认自己的错误，害怕公开地老实地及时地改正这些错误，那它就当不了工人阶级的领导者”。“如果党不害怕批评和自我批评，如果它不掩盖自己工作中的错误和缺点，如果它用自己工作中的错误来教导和教育干部，如果它善于及时改正自己的错误，那它就会是战无不胜的”。对于毛泽东的这个评价，肖劲光心悦诚服。他在回忆录中说：“毛主席既肯定了成绩，又分清了错误是非，并教育我对待错误的正确态度，他教育干部的良苦用心，只有身临其境的人才能深刻地体会它。几十年来，毛主席的这一谆谆教导一直铭刻在我的心中。”
到这时，肖劲光向高岗道歉事件才彻底告一段落。
