1985年初，卫生部作出停止使用赤脚医生这一称呼的决定，原来的赤脚医生要进行考核，合格的将被认定为乡村医生，取得从医资格后可以继续行医。1月25日，《人民日报》发表《不再使用“赤脚医生”名称，巩固发展乡村医生队伍》一文，至此“赤脚医生”的历史也就结束了。
但是，赤脚医生制度这个涵盖数亿人口，行之有效的服务体系被世界卫生组织和世界银行誉为“以最少的投入获得了最大的健康收益”的“中国模式”。从1965年到1980年，中国约有90％以上的生产大队实行合作医疗，形成了集预防、医疗、保健功能于一身的三级（县、乡、村）卫生服务网络，在这个网络下，有51万正规医生、146万赤脚医生、236万生产队卫生员和63万农村接生员。
即使现在，许多昔日的赤脚医生经过再培训，“穿上了鞋”，在新农村合作医疗框架下，又成为乡村医疗服务的主要力量。
“赤脚医生”已成为一个历史名词。但是，田间地头那个深棕色的药箱，拉着家常在炕头看病的情景，已成为对于那个年代的一段温暖记忆。