但是之后数年的经历证明，连锁网吧轰轰烈烈的扩张带来的结果似乎并不理想，全国连锁网吧绝大部分淡出江湖，中小型网吧却因具有运作机制灵活、门槛低等优点，一直在网吧市场占有绝对的优势。相关调查显示，200台客户端以内的中小型网吧比例一直保持在80%左右。
为规范网吧的经营行为，2009年9月，文化部再次鼓励连锁企业整合单体网吧。之后各地纷纷响应。辽宁禁止单体网吧新设登记，将全省8000个网吧整合为8家连锁经营企业；广东、四川等地都大力“以政策推进连锁”，挤占单体网吧生存空间。然而，发展至今，2003年最初组建的10家全国连锁网吧现仅存3家。
谢国军分析了“官方连锁“失利的原因。他认为，获得连锁牌照的网吧不仅未获实质性的政策优惠，相反，光是在缴纳营业税一项上，因为连锁网吧严格按照营业额实收，税额大约为单体网吧定额税的10倍。
迫于政策环境，加盟连锁的网吧对连锁也满腹怨言。据上海“东方网点”连锁网吧的一位加盟业主透露，如果要加盟“东方网点”，就要一次性交清8万元加盟费，另外每年还要上缴营业额的5%作为管理费，但加盟店仍需独立经营，自负盈亏。“东方网点”另一加盟店的负责人杨沪(化名)就对本刊记者抱怨说：公司给人家推广软件，要求加盟店每台电脑都要装，但他们收取好处后却不给加盟店一分钱。我们很多时候都在“义务劳动”，这就是加盟的“报酬”。
对绝大部分加盟商而言，连锁加盟更像是流于形式，这与其初衷背道而驰。这种现象在全国范围内普遍存在。一位加盟业主很实在地说，“实际上我们是在花钱买亏损。我们以前怎么管理，现在还怎么管理，挣的钱还要分给他们，感觉像是平白无故给自己找了个地主，每年缴租。”
有福不能同享，有难却必须同当。如此一来，连锁难免成为官方的一厢情愿。
单体连锁应共存
分析人士认为，2006年是网吧行业的转折点，网吧在这一年走出暴利期。上座率低，上网费低，监管部门对硬件和软件要求却越来越高，多数网吧都在惨淡经营。
同时，软件正版化也让本就利薄的网吧不堪重负。本刊记者了解到，在广州，平均每台电脑日营业额在18元-26元之间(8、9年前的日营业额可达50元左右)，而正版软件摊薄后的成本占日营业额的1%-2%。因此，超过80%的网吧不想安装正版软件。