X档案分集剧情介绍：大结局
X档案第一季结束时，线人深喉被杀，X档案被FBI联邦调查局终止。Mulder探员和Scully探员被分派不同的工作，看起来调查无法再继续下去了。但Mulder探员一直在关注X档案，并时不时找到Scully探员帮忙。然而，Scully探员却被外星人绑架。在 Mulder探员不断地调查中，Scully探员又被神奇地送回一家医院。第二季结束时，Mulder探员的父亲被神秘谋杀，他不得不赶到千里以外的新墨西哥州调查取证。
第1集 Little Green Men 绿色小人
X档案的调查被终止后，Scully探员回到调查局学院当讲师，而Mulder探员成为安全保卫人员。一位美国参议员Matheson在X档案问题上却支持Mulder探员。在他支持下， Mulder探员私自前往波多黎各。当地一所被废弃很久的地外生命研究所所属的基地莫名其妙的自我激活。
第2集 The Host 下水道惊魂
一具无名尸被海水冲进新泽西的下水管道里。Mulder探员的上司Skinner派遣他去调查这件案子。Mulder探员认为这件案子毫无意义，只是体力劳动而已。Skinner一定是在惩罚他不守纪律。但Skinner却认为，这个案件是一个真正的X案件。
第3集 Blood 恐惧
一个农牧业小城发生一连串的暴力谋杀案件，奇怪的是当地的很多电子设备也同时遭到破坏。Mulder探员认为有人通过电子设备影响人的潜意识，驱动他们去杀人。
第4集 Sleepless 无眠夜
Mulder探员很不情愿的接受了一个新的搭档，探员Alex Krycek。他们开始调查一些绿色贝雷帽部队战士在接受睡眠剥夺试验后纷纷死去的案件。
第5集 Duane Barry 奇异接触（上）
FBI前探员Duane Barry声称自己曾被外星人绑架，因此丢掉了工作。一股神秘力量吸引他回到当年的绑架地点，并带去一个替换他的人质。这个替换他的人质，就是Scully探员。
第6集 Ascension 奇异接触（下）
Mulder探员得知Duane Barry绑架了Scully探员之后，不顾一切开始寻找她。他的新搭档Krycek探员把这一切报告了癌人。
第7集 3 三位一体
Mulder探员正式回到了X档案的调查中，但却头一次单枪匹马。他开始调查洛杉矶发生的一系列吸血鬼杀人案，但却不由自主地受到首要女嫌疑的吸引。
第8集 One Breath 复活
Scully探员神秘地出现在一家华盛顿的医院里，但却陷入深度昏迷中。Mulder探员想尽一切办法维持她的生命，而Scully探员则面临着活下去还是到另一个世界去的抉择。
第9集 Firewalker 火行者
Mulder探员和Scully探员终于再次联手出击了。他们来到一座活火山，在那里发现了一种致命的生命。这种生命可以在岩浆中存活，为了避免被人类发现，它们甚至开始杀戮前往调查的科学家们。
第10集 Red Museum 红色博物馆
为了调查几宗少年绑架案同一个乡间教派的联系，Mulder探员和Scully探员发现了一个秘密试验计划。在该计划当中，第一季中“纯度控制”试验产生的外星人DNA被用于儿童试验。同时，Mulder探员终于找到了谋杀深喉的人。第11集 Excelsius Dei 再生
在一座老年公寓，一名护士称遭到看不见的力量袭击，并认定袭击者是一名90岁的老人。Mulder探员和Scully探员前往调查。
第12集 Aubrey 剃刀疑案
一个探长发现了一具前FBI特工的尸体，而该特工是在1940年代调查一件谋杀案时失踪的。而那件老谋杀案同探长手头的一件凶杀案非常相似。Mulder探员和Scully探员认为老谋杀案的凶手把暴力基因遗传给了他的后代，而后者则犯下了新谋杀案。
第13集 Irresistible 无法抗拒
一个在太平间工作的工人有着特殊的嗜好，即搜集死人的头发和指甲。为了扩大他的藏品数量，他开始谋杀，并把他的下一个目标转向Scully探员。
第14集 Die Hand Die Verletzt 魔法学校
在一个小城，一个少年被谋杀了，而谋杀过程像一个仪式。Mulder探员和Scully探员发现，当地学校的家长教师协会举行一种秘密仪式，而一个代课教师拥有神奇的能量。
第15集 Fresh Bones 复仇
在一个海地难民营，几个难民神秘死去。Mulder探员和Scully探员发现，这是难民营首领同一个巫师之间秘密战争的结果。
第16集 Colony 殖民地球（上）
Mulder探员收到一封电子邮件，信中包括三个完全相同的人的讣告。正在此时，一个CIA特工通知Mulder探员和Scully探员，一个俄罗斯杀手已经潜入美国境内的医疗机构，目的是为了除掉冷战时期潜伏在美国的俄罗斯克隆人。
第17集 End Game 殖民地球（下）
一个来自外星的职业捕手绑架了Scully探员，用她来交换Mulder探员在幼年时期被绑架的妹妹Samantha。交易失败后，Mulder探员跟踪这个外星人到了它掩埋在北极冰雪下的太空船中，逼问关于Samantha的真相。他惊悉，Samantha原来是个克隆人。
第18集 Fearful Symmetry 恐怖对称
在一个UFO经常出没的地区，动物园中发生了看不见的动物攻击事件。Mulder探员和Scully探员奉命去调查这桩奇案。
第19集 Dod Kalm 幽灵船
一艘美国海军船只失事，舰上只有一半成员成功逃生。18个小时当他们被救援人员发现时，他们看上去比事发前至少苍老60岁。Mulder探员认为，该舰进入了未知的时空，因而加速了他们的老化。
第20集 Humbug 欺骗
佛罗里达州的Gibsonton 城充斥了马戏团和杂耍艺人。一个以鳄鱼表演为生，名叫Jerald Glazebrook 的人被谋杀了。Mulder探员和Scully探员在调查这宗谋杀案时，遇到了形形色色的奇怪人物，甚至包括当地的警长。
第21集 The Calusari 驱魔人
一个少年神秘死亡。Mulder探员和Scully探员介入调查。他们发现了一种与死者有关，源自罗马尼亚的的驱魔仪式。驱魔人告诉他们，死者被其未出生的孪生兄弟附身。
第22集 F. Emasculata 解剖
在一座警备森严的监狱，一种瘟疫一样的疾病开始流行，造成10人死亡。Scully探员想深入虎穴，摸清疾病的源头。而Mulder探员则连同联邦司法官员一起追踪两名可能已经感染该疾病的越狱者。
第23集 Soft Light 柔光
一项关于暗物质的试验造成了惊人的后果－该试验可以把人的影子转化为一种致命武器，任何接触到这种武器的人都会被转化成能量。
第24集 Our Town 我们的城市
一个小城发生了数起失踪案。Mulder探员和Scully探员在该城一条小河里发现了数以百计的人骨。该城最富有的人拥有一座鸡肉加工厂。此人找到了一种吃人肉而延长寿命的办法。
第25集 Anasazi 外星档案
Mulder探员意外获得了一些关于地外生命的原始*资料。但他的敌人却想让他看到，发现真相是要付出沉重的代价的。
