第4集- 奥卡布基湖奇案 CONDUIT
调查局一位主管Blevins表达了他对X档案调查方向的担忧。同时，Mulder探员开始着魔似的想解开一宗失踪案。Mulder探员的妹妹 Samantha在他幼年时期奇异失踪，而Mulder一直坚信是外星人所为。“在我小的时候有个仪式，我会闭上双眼走进我的房间，因为我想有一天，我一开门，我的妹妹就会在里面，躺在床上，就好像什么事情也没发生过。而我这一生中的每一天，都在走进那个房间”。这就是Mulder永无止境的恶梦。
第5集- 泽西恶魔 THE JERSEY DEVIL
一个无家可归者被谋杀了。Mulder探员发现，这个案子同1947年的一宗谋杀案在细节上极为相似。而那间旧案，据信同出没于大西洋城附近森林里的野人有关。
第6集- 鬼魅阴影（幽魂） SHADOWS
一个年轻女人见证了好几起不知名力量的谋杀案。Mulder探员认为那个女人的前雇主的幽灵在保护她，Scully探员则认为她的前雇主根本就没有死。
第7集- 幽灵电脑 GHOST IN THE MACHINE
一台计算机已经不再能够胜任一栋办公楼里的工作，将要被淘汰。为了不被淘汰，这台计算机里的一种不知名的高级人工智能开始行凶杀人。
第8集- 冰核计划 ICE
一个极地探险队在创造了最新的冰芯掘进纪录之后，突然开始了莫名其妙的自相残杀。Mulder探员和Scully探员同一队科学家和医生前往调查。他们在冰芯里发现了一种微生物，任何感染了这种微生物的人都会变得异常愤怒和偏执。调查队刚到不久，就有人感染。究竟谁会成为凶手？
第9集- 太空惊魂 SPACE
一股神秘力量破坏了一项NASA的发射任务。Mulder探员和Scully探员开始了调查。
第10集- 坠落天使 FALLEN ANGEL
一个UFO坠毁了。军方迅速封锁了事发地点。Mulder探员前往调查，但却危及了X档案的未来。
第11集- 夺命夏娃 EVE
两位父亲在同一天被谋杀了，作案方式几乎完全一样。Mulder探员发现，这两位父亲都有一对8岁的双胞胎女儿。他们意识到案件的背后有更奇怪的事情发生。
第12集- 恶魔烈火 FIRE
Mulder探员在牛津大学时的前女友找到他，希望他帮忙调查几个英国重要人物的国际谋杀案件。这时，一个双手能够发火的杀手出现了。
第13集- 心灵感应 BEYOND THE SEA
Scully探员的一把梳子拥有灵异能量，让她看到了自己不久前去世的父亲。一个Mulder探员很久前抓获的一个死囚，忽然声称自己是个占星师，能够提供给他关于一个连环谋杀犯的线索。
第14集- 性别扭曲 GENDERBENDER
Mulder 探员和Scully探员调查的一宗谋杀案，把他们带到了Massachusetts州的 Stevenston镇。Mulder探员和Scully探员发现，案犯似乎同时拥有男性和女性的特征。在该镇，有一群人在镇外的森林里建立了一个小村庄。他们从来不和外人交谈。他们从不与外界沟通。平静的生活被打破了，他们选择集体消失。
第15集- 复活者 LAZARUS
FBI探员Jack Willis在处理一个银行抢劫案时被嫌疑人打伤，而嫌疑人Warren Dupre则伤重不治。Scully探员对Willis探员实施了急救。然而，康复的Willis却莫名其妙的表现出很多Dupre特有的行为。
