Noah刚走出囚室就遇到了Sylar。Noah连开数枪……不幸的是，已经获得Claire "不死之身" 的Sylar安然无恙。Sylar将Noah弄晕后，回头去对付Elle。"光头版" Peter在玻璃墙后眼睁睁看着一切发生，除了放声大喊之外，毫无任何办法。Sylar当着Elle的面表演起了Bob的超能力－－将手枪变成了黄金。随后，他开始切割Elle的头颅。垂死挣扎的Elle爆发出能量巨大的电击波，将Sylar轰得不见了踪影。
当 Elle醒来时，第五区成了一片废墟，所有的 "坏蛋" 都逃跑了－－所幸的是，Sylar被抓住了。Angela赶到现场。按照管理系统的顺位继承法，Angela接管了接管了整个 "公司"。她上任后所做的第一件事就是开除Elle。未来的Peter也来到第五区，向Angela问起其中一名逃犯－－因为他将现在的Peter放在此人身体内。Angela命令他务必找回这个叫Jesse的家伙。
现在的Peter／Jesse正和其他三名第五区的 "坏蛋" 待在一起。Knox能通过吸收他人的恐惧来增强自己的力量；German能控制磁场能量；还有一个叫 "喷火人" 的家伙，名字就能说明他的本事。而和Peter困在同一个身体里的Jesse，我们还不知道他能干些什么。
Noah回到家中与女儿团聚，但他不能耽搁太久，他必须将第五区逃走的所有 "坏蛋" 抓回来。Claire想和父亲一起去，但Noah拒绝了。为了保证Claire的安全，Noah邀请一位老朋友过来陪她－－竟是Claire的生身母亲，那位能控制火的女人。
Angela独自走进关押Sylar的囚室，解开了他的手铐，还承诺治好他－－因为她是Sylar的生身母亲！
《超能英雄》分集介绍：第3集
前情提要：Suresh Mohinder获得了超能力；Matt Parkman流落到非洲荒原；Hiro与 "超速人" Daphne棋逢对手；Nathan开始潜心信教；Tracy对自己与Niki的关系感到困惑；Peter困在了一个 "坏蛋" 的身体里；Sylar杀死Bob后，Angela接管了整个 "公司"；第五区关押的所有 "坏蛋" 都逃跑了；Sylar获得了Claire的不死之身；HRG找来Claire的生身母亲照顾她；Sylar竟然是Angela的亲生儿子。在人物关系已经非常复杂的情况下，本季还将陆续出现一大帮新角色，如果你真的把《Heroes》看进去了，就等着犯头疼病吧。
Angela Petrelli对Sylar表现出了过分的亲昵，似乎这个多年未曾见面的儿子比自己带了几十年的Peter或者Nathan更值得关爱。Angela找来一个名叫Bridget的女孩，她拥有一项有意思的超能力：只要她用手摸一摸某个人，就能看透对方的整个过去。
HRG带着将所有逃跑的 "坏蛋" 绳之以法的决心回到了公司。Angela不肯让海地人重新为HRG服务，借口说海地人另有任务。相反，Angela给HRG找了一个更为厉害的 "新搭档"－－Sylar！想到他对自己女儿的所作所为，HRG自然不会答应。但是Angela坚称Sylar过去一直被人误解了，他需要有人指引，他需要重塑形象。HRG别无选择，只有与这个恶魔为伍。
正在逃亡中的第五区 "四兄弟" 决定抢劫银行。能够吸收别人恐惧来增强自己力量的Knox成了这帮人的头，能发射蓝色火球的Flint和能控制磁场能量的German负责充当打手。他们没给Jesse（Peter）安排什么实质性的活儿。