剧情战斗敌人：ソンビ×3ゾンビナース
战斗过程中，我方全员的PERSONA相继觉醒，自动胜利后，山冈临终嘱咐南条一定要成为日本第一的真男人后，永远的闭上了眼睛。高傲的小少爷南条唯一从内心里认可的亲人山冈死了，只留下了一副破碎的眼镜。
回到3Fマキ的病房发现房间里空无一人，之后来到1F看到被自动贩卖机压在地上的护_士，和ゆきの旁边的护_士对话，选择手を贷す（选帮忙才能在后期在アラヤ神社使封神具+1）后，エリー出现，剧情战斗中エリー也觉醒了自己的PERSONA。剧情得知マキ的母亲受伤倒在了アラヤ神社，之后前往アラヤ神社
アラヤ神社
回到御影町1丁目，进入位于学校右边的アラヤ神社后看到金色的蝴蝶以及昏倒的マキ的母亲。在金色蝴蝶一阵舞动后，主角一行人再次见到了フィレモン。 CG过后マキ的母亲醒了过来，得知之所以外面会变成这样全都是神取搞的鬼，神取利用「デヴァ·システム」使世界产生了异变，而且マキ的母亲更是参与研究「デヴァ·システム」的人之一。マキ的母亲希望我们能把这事告诉警察并阻止神取的行为，但无奈现在的警察局早就成了恶魔的巢穴。之后マキ的母亲在把「セキュリティカード」交给我们后再次晕了过去。之后返回圣エルミン学园
圣エルミン学园
回到学校后，在体育馆（1F进入安全门后往下走）的各个房间内可以找到武器和防具。而在フェンシング部部室里，if的女主角たまき会赠与突剑。在1F安全门出去后可以看到一个大洞，准备进入时アヤセ问主角是要去对付セベク么（选择そのつもり）后，突然与病床上苍白憔悴完全相反的マキ出现，而且连性格也和原来的マキ截然相反。之后南条也出现交给主角一行枪支后告诉主角マーク在警察局被恶魔抓住了，需要我们帮忙去救他。从洞出去后发生剧情战斗，战斗中マキ也觉醒了PERSONA……战斗后マキ，南条加入，前往警察局
御影警察局
进入御影町3丁目记录点右边的警察局，在入口右上方的挂箱里找到「留置场の键」后，从1F来到2F，在从2F另一边下到1F就能来到留置场，救出マーク和ブラウン后发生剧情战斗，战斗中ブラウン觉醒PERSONA能力，战斗后向ブラウン解释了PERSONA的来历后，就要迎来决定最后一位同伴的选择了，具体如下：
ブラウン：「どうする？？」
选择『一绪に行こう』ブラウン加入。 (相性最良PERSONA：JUSTICE)
御影町地铁那里会遇到エリー，同样要求加入。
选择『一绪に行こう』エリー加入。 (相性最良PERSONA：JUGEMENT)
然后前往废工场。
ブラウン、英理都没有加入的场合アヤセ会加入(相性最良PERSONA：MAGICIAN)
废工厂
废工厂位于大地图御影町1丁目的右下，之后调查场内北东方向的装置，使用「セキュリティカード」后出现电梯进入废工厂内部，之后来到废工厂地下通路地图上两个红色标记的地方拉下扳手，之后来到地图东北侧上楼梯后进入废工厂联络通路，之后向右走进入セベクビル，1F有回复泉和商店，可以适当的在这里提升一下PERSONA的RANK和自身的等级。每层楼的房间内都有装备和道具，部分箱子柜子内有陷阱，电梯坐到5F后再下楼可以找到ベルベットルーム，可以在这里把交涉获得的スペルカード进行PERSONA合体。重新到达1F后走另一边楼梯就能来到セベクビル5F的支社长室前，遇到支社长神取鹰久（以下神取）和他的下属武多，在南条和神取的互相唇枪舌战后和武多发生战斗，BOSS冰结弱，如果队伍中有エンジェル的话使用全体回复魔法会比较轻松，战斗尽量以全体魔法攻击，在全体回复魔法的帮助下此战很轻松。战斗胜利后神取早就逃之夭夭了，之后调查房间中的桌子后发现机关，打开以后乘坐电梯来到B1后进入地下研究室。之后通过黑暗区域来到最上方的デヴァシステムルーム找到神取以及利用麻希的精神力量，将麻希幻想的世界实体化带到现世的デヴァシステム，而作为デヴァシステム的制造者之一的ニコライ博士得知一直以来自己被神取欺骗后正在竭力阻止他，但神取仍然启动了デヴァシステム，ニコライ博士见势准备困住神取同归于尽，这时需要主角选择是否救博士（出现选项：『赤いボタンを押す』封神具获得数目+1，『青いボタンを押す』无变化），主角按下红色按纽后，デヴァシステム却并没有停止，而神取原本应该消失的肉体也逐渐恢复了。在机器暂时停止后我们的面前出现了一名名叫あき的黑衣小女孩，并且称呼神取为“爸爸”，在其救了神取后又再次启动了デヴァシステム并把主角一行带入了异世界……
