迷いの森
通过地下铁入口回到被封锁的西侧城市后，往上走来到御影3丁目，原来是警察局的地方现在变成了迷いの森，进入。搜刮完房间里的宝箱拿完封神具后来到迷宫地图最西南方的糖果屋，进入后看到之前主角一行玩PERSONA游戏时出现的白衣女孩まい，剧情中她会询问主角一行几个问题，按如下选择：
「かくれてればあんぜんでしょ？」选择「逃げるな」
「なぜお兄ちゃんはたたかうの？」选择「みんなのため」
「なぜ生きてるの？」选择「その答えを探すため」
如此选择才能进入Good Ending
此外的选择会与业魔テディベア战斗，进入BadEnding
按照以上选择完毕后主角获得「半分のコンパクト」，之后离开迷いの森再次前往マナの城
マナの城
从地下铁西侧入口回到东侧后再次来到マナの城，有了「半分のコンパクト」后调查门旁边的石台后终于打开了城门，但石台却陷入了地底无法拿回，而南条也说出了刚才犹豫的原因，原来南条之所以前面突然犹豫是因为他发现了神取的阴谋，因为神取想要的正是我们从白衣女孩まい处拿来的「半分のコンパクト」，而由于他无法直接从まい那里拿到，转而就利用了主角一行取得まい的信任得到「半分のコンパクト」后再让主角他们自己送到他的手中……不过为了见到神取，我们也只能这么做，之后进入城堡，走楼梯来到5F中间的房间后再次见到神取和黑衣女孩あき，而倒在地上的正是之前在学校见到的レイジ，之后あき使用了两个梳妆盒，启动了デヴァシステム，混沌の镜里映出了原来的世界的情景——名叫［デヴァ·ユガ］的城堡出现在御影町，压垮了半个城市的建筑。之后神取前往［デヴァ·ユガ］并召唤出魔王サルワ与众人战斗。 BOSS火，冰结，疾风属性弱，地震吸收，物理攻击对其效果不大，可以多用连射性的枪攻击，BOSS的伍绝切羽很厉害，要小心，这个技能足以秒掉女主角，在降BOSS攻击力的同时要注意好回复。好不容易胜利后，神取早就已经回到了属于主角的世界，自己原来的世界即将被神取摧毁，而正当大家对于怎样会到原来的世界毫无头绪时，マキ突然想起，半年前在神取还没有来到御影町时，セベクビル所在的地点正好是「幽霊屋敷」，或许那里能有回去的方法……
幽霊屋敷
进入后来到幽灵屋敷3F，发现了回到原来世界的通道，鬼子母神ハリティー守在这里，苦等自己的孩子。
看见マキ，她说自己是麻希的母亲，哀求マキ过去。但マキ说自己根本就没有过母亲。大家很疑惑，南条则认为是敌人的诡计。出现选项后选择ハリティーと戦わない，封神具获得数+1，并且ハリティー变回了麻希的母亲。原来她为了寻找自己失踪的女儿，想起小时候的麻希经常来屋敷玩耍，于是来到这里，却进入了另一个世界。大家告诉了她这个世界的事情，让她觉得很伤心和不解的是，这个世界里根本没有过自己存在的痕迹。因为这个世界的マキ从小就是孤儿，不管是マキ本人还是周围的人，都不知道关于マキ的母亲的事情。麻希的母亲留下控制次元通路的机械，叫大家安心回去。原来她也参与了デヴァシステム的开发。尽管知道这种装置会带来的可怕后果，但她别无选择，因为麻希出事以后的巨额医疗费用根本无力承担，而参与开发的话，麻希则可以作为SEBEC成员家属享受医疗福利。
デヴァ·ユガ
穿越时空后大家回到了セベクビル的デヴァシステムルーム，而正当大家闲聊时突然发现原本应该已经死了的ニコライ博士也在这里，但看样子博士已经被洗脑了。突然身旁出现了神取的立体影象，剧情后出门，坐电梯上到3F后，再从另一侧楼梯下到1F再从另一侧上到5F（真的很饶……没办法）后，将5F的北东方向的开关扳动,打开中央通路，之后再扳动中央通路最前面的开关,落穴打开,掉落至4F，之后再从4F往上爬来到6F后来到一处正方型区域，注意天花板上的灯照在地上的光,踩地板并将凸出部分排列为一个十字以后里边的门打开，之后在神取的部屋内找到神取和あき。但出现在众人面前的神取已经不再是曾经那个野心家。已经实现了自己想要的一切，到达了人生巅峰的他，现在甚至已经失去了活下去的动力。面对神取的质问「何ゆえの生か？」的选择「その答えを探すため」（封神具获得数目+1）接着南条出言，直指神取内心最不愿意被人触及的一面——他现在真正懊悔的是自己只能以一个野心家的方式生存。被触机痛处的神取大怒，随即开战。神取地震弱，电击弱，疾风弱，会使用「不灭の黒」尽量保证队伍中有一人的PERSONA的大属性是暗黑，BOSS以物理技能为主，如果之前说的JUDGEMENT LV18的ファレグ还在队伍中的话，一直使用タルンダ降BOSS攻击力会使战斗轻松很多。战斗进行到一半，神取被自身的PERSONA无貌之神控制，化为GOD神取，并且自身耐性弱点变更，火弱，冲击弱，枪击弱。 「光の裁き」很讨厌，打到暗黑大种族的PERSONA身上基本是直接秒的，而且还会使用我方直接2回合混乱的技能，落阳三段击威力也很大，如果不降攻击的话死伤难免。战斗胜利后临死前神取给大家说明了真像。解释了黑衣女孩まい、白衣女孩あき和跟众人在一起的园村麻希的关系：她们连同这个镜像世界都不曾实际存在，只不过是园村麻希本人内心世界的产物。而真正的麻希本人现在就躺在デヴァ·ユガ3F的病床上，之后便闭上了眼睛，获得了他所向往的安宁。接受不了这个事实的マキ跑出了屋外。之后回到4楼，从记录点上方的门内掉入3F后进入旁边的麻希の病室，大家终于见到了真正的麻希——靠SEBEC集团提供的装置维持着生命的植物人。剧情过后获得「壊れたコンパクト」和「绿のコンパクト」，之后去到墙上画的右边闪光处获得「混沌の镜の破片」使「壊れたコンパクト」和「混沌の镜の破片」组合后重新回到麻希的内心世界「迷いの森」
