海军倾其全力，出动64艘、66万吨军舰（4艘航空母舰、9艘战列舰、20艘巡洋舰、31艘驱逐舰），从10月23－26日，以莱特岛为中心与美军第3、7舰队进行了长达4天的激战。 莱特湾大海战，世界上最大的一次海战，战场以莱特岛为中心南北达1000多海里，东西500多海里，双方投入航空母舰39艘、战列舰21艘，巡洋舰47艘，仅驱逐舰以上大型军舰就有300多艘，舰载和岸基飞机2000多架。日军被击沉航空母舰4艘，战列舰3艘（含7万吨级的超级战列舰“武藏”号），巡洋舰9艘，驱逐舰9艘，计30。6万吨；美军损失航空母舰3艘，驱逐舰3艘，3。7万吨，不及日军损失1／8。尽管海战惨败，日军大本营仍不改决心，重兵增援莱特岛。适逢菲律宾正是台风季节，连下40日暴雨（860毫米雨量），尽管美军在岛上已夺取5个机场，仍由于山洪暴发和泥浆遍地而无法使用。日军趁机将第1、26师团和第68旅团等部通过南部的奥莫克湾送上莱特岛。这个第68旅团并非等闲之辈，而是关东军以陆军公主岭学校教导队为基干编成的精锐部队，堪称精锐中的精锐。经增援，岛上日军已达7万人。但到了11月中旬天气略有好转，美军破译日军密码，获悉日军有一支运输船队从马尼拉驶向奥莫克湾。11月11日拂晓，载运日军第35军直属部队和第26师团一部共1万人的5艘运输船遭美军347架飞机的袭击，炸沉全部运输船和4艘驱逐舰，日军1万人几乎全部淹死，军用物资也全部损失。
莱特岛上的日军在海上运输线被切断的情况下，尽管顽强奋战，特别是第1师团第57联队在利蒙附近高地50天的战斗中重创美军第1骑兵师和第24师（我们在朝鲜战争中很熟悉美军这两支部队），以致美军称为“断颈岭”，但日军弹尽粮绝下终于崩溃，第57联队仅余200多人。第1师团是日军中最老的师团之一，号称精锐的“玉”师团，共有1。5万人登陆莱特岛，生还者仅743人。1945年1月中旬，莱特岛战役结束，岛上日军死亡6.8万，美军仅死亡3500人（总伤亡1。2万人），只有日军1／20。
日军在莱特岛上的第35军所属的第1、16、26师团和第68旅团全军覆没，这是太平洋战争以来日军第一次在一场岛屿战中就被歼灭3个师团兵力。日本首相小矶国昭曾宣称“莱特岛之战是日美战争中的天王山”（天正十年，军阀羽柴秀吉和明智光秀在山崎交战，占领天王山为胜败关键）。至战败后，小矶故作镇静，又宣称“天王山之战已由莱特岛向吕宋岛转移”。日本民众因此嘲笑说：“听说没有败，只是天王山移动了”。一时传为笑柄。 1945年1月9日，美军第6集团军19万人登陆吕宋岛仁牙因湾，掩护舰艇达850艘。由于日军顽强抵抗，美军进展缓慢。麦克阿瑟于1月底将第8集团军投入战斗，并投入第11空降师断敌后路，很快就将掩护仁牙因湾至马尼拉的日军第19、23、103师团、第2坦克师团和第58旅团等部击溃，于2月4日冲入马尼拉。防守马尼拉的是日本海军人员约2万人，经一个月巷战全部被击毙。日军主力退入山地丛林，病死饿死者超过战死者10倍以上。据幸存的日军回忆，当时患上登革热、烂脚病的人，就等于被宣判了死刑。“回归热”更是热带丛棘中最可怕的一种疾病。患者周期性地持续高烧，初次发烧一般七天，又歇七天；然后第二次发烧五六天，又间歇五六天；再第三次发烧……周而复始，将人折磨得死去活来，同时间歇时间越来越短，发烧越来越频繁，故名“回归热”。不知有多少日军被“回归热”反复折磨，熬干气血，在已无人形时悲惨地死去。饥饿，是更大的敌人。渗入丛林的数十万日军官兵，成为与丛林中的动物竞食的一股可怕力量。他们似一群大蝗虫，所过之处，树皮、草根皆遭殃，飞禽走兽纷纷落荒而逃。日军甚至还自相残杀，吃掉战友的尸体！据士兵荻原长一回忆，他曾来到某个岩洞，受到3个军士的“款待”，给他吃了一种味道独特的熏肉。获原等人狼吞虎咽地吃完那些熏肉后，好奇地询问这是什么肉。那个伍长淡淡地说：“我们在同类相食呢！”曹长补充道：“把不能行走但还有一口气的战友的躯体就那么扔在那里，让蛆虫、野兽暴食，怪可惜的……所以我们自己享用了！”荻原一行听罢，不禁翻肠倒肚。
