克星出现
恰在此时，袁崇焕东山再起，第三次出关守边。
袁崇焕在上任以后就开始精心策划除掉毛文龙。离京出关之前，内阁辅臣钱龙锡亲自到其住所，询问“五年复辽”的方略。袁崇焕说：“首先从东江做起。”钱龙锡诧异地问道：“为什么不从陆地进攻，而从海道呢，而且毛文龙用起来也未必很得力。 ”袁崇焕说：“毛文龙可用就用，不可用就杀了他。 ”可以说他早就有杀毛文龙之心。
他还说：“入其军，斩其帅，如古人作手，臣饶为也。 ”可见他不仅考虑了杀不杀毛的问题，还考虑了如何杀毛的问题。后来袁崇焕杀毛文龙正是采取了“入军斩帅”的方式。
暴发户毛文龙
毛文龙控制了辽东海上一个繁荣贸易区域，东倚朝鲜，北联辽西、海盖沿海，西至天津，南濒登莱，海上贸易十分兴旺发达。中朝之间的商路和贡路，以前以陆路为主，走的是自山海关至辽西这条路，朝鲜商人一次携资数十万两白银，是很常见的事。自辽东战事起后，这条路就移到海上，主要商品有朝鲜及辽东的参貂，中国的粮食、布帛、铁器以及违禁物品硫黄、炮硝、武器等，而天津、登莱、淮安的海上运粮又为商人创造了许多谋厚利的走私机会。
当时，大明已经下令断绝了金、明两地的贸易往来，贩卖后金土特产品被视为非法。而物以稀为贵，关内一些有钱人将辽东土特产的价格炒作得甚至超过了黄金。有着浙商血统的毛文龙立即在从辽东后金政权下逃出来的人们中组织采参队，由军队护送他们乘坐军用船只，溯鸭绿江而上，在今抚顺新宾县境内登岸，入深山采参。回来后，毛文龙以平价收购众人所采之参，再送到胶东半岛各口岸甚至京师间高价销售，牟取暴利，一夜暴发。
贪心下的暗战
但是毛文龙并不满足，他向朝廷报告说，自己手下共有20万大军，请朝廷发饷，一年大约至少需要数百万两白银。这就有些欲壑难填的味道了。
苦于无处筹饷的朝中大臣难免不满，于是决定派人前来核查军队人数。来人尽管受到毛文龙的热情招待，但是仍没有办法核算出20万人的数目，最后以10万人上报。
皮岛行政上归山东登莱道衙门管辖，军队人数经山东登莱道衙门再次核查，只查对出2.8万人，于是按2.8万人向皮岛输饷。坚信自己有20万大军的毛文龙更加有理直气壮的理由从事走私活动了。
袁崇焕上任后决定先从经济上入手整治毛文龙：实行海禁，不许登州、莱州通往东江的私船出海；控制毛文化的粮饷、军械。凡是朝廷运往东江的物质，都必须受蓟辽督师衙门的节制、转发与核查，运送路线不再由登州、莱州直接运往东江，改为由山海关起运至宁远近海的觉华岛，经督师衙门挂号，再转运至东江。
