督促洪与清兵速战决战。清军认定明兵乃疲惫之师，即在宁远、松山之间挖壕掘堤断明军退路，将明军置于全歼的绝境。
决战中，明军高级将领仅吴三桂靠家丁护卫、大同总兵王朴奋战冲回宁远外，其余悉数被俘。洪承畴被俘，朝廷报阵亡，崇祯悔听兵部之言，亲自撰文祭奠。
洪承畴降后，皇太极恐其二心，表面上对他恩礼有加，实际上并未放松对他的防范，命隶镶黄旗汉军，使其在家，不得任意出入。洪承畴亦感内疚，不愿与旧属相见，直至崇祯皇帝自缢，明朝灭亡，多尔衮才起用洪承畴。
清军南下，峰火四起。明朝初建时，朱元璋搞分封制，有山东鲁王、南阳唐王、南京福王、抚州永宁王等等，此时均率故臣继太明，旗号多多，史称“ 南明小朝廷”。清军豫亲王多铎、英亲王阿济格、肃亲王豪格均屠夫也，凡抵抗不降者杀无赦。扬州总兵史可法抗击7日陷落，多铎发泄于民，屠10日。明吴淞总兵李成栋降清后，为虎作伥，围攻嘉定，守军侯、黄二将率死士巷战，城破后李令屠城3日。这就是历史上有名的“扬州十日”、“嘉定三屠”。江阴10万军民誓死守城，全部战死。大好江南如啃不动的铁，只因孤军奋战而被各个击破，然清军伤亡也很严重，多尔衮不得不召回英、豫二王。此时洪承畴任顺治帝太子太保、兵部尚书，多尔衮命他督理南方军务以扭战局。
洪承畴采取以抚为主、以剿为辅的策略，所到之处先祭思宗皇帝服丧，言大明乃大顺所灭，大清诛天下之共愤也。洪承畴以大学士名义，通告乡里， 即日仍以明八股科目，行乡试、州试，殿试不分满汉，以榜录官，使读书人看到希望。孔尚任名剧《桃花扇》描写江南才子，从报效大明转归大清，就是当时社会真实写照。
洪承畴在明朝为臣守三关时，曾多次与农民起义军激战，闯王总是围而不灭，是得民心之故，民心就是民间唱的“迎闯王、盼闯王、闯王来了不纳粮 ”。而大明年年征战税赋沉重，得民心必减民赋。洪承畴上疏清廷：“辽东已安，所征辽饷可免。”辽饷系当时大明为守山海关抗击努尔哈赤而设，多尔衮准奏。随着大军南进又废除剿饷、练饷等，全国累积免除1600万两税赋，许多农民纷纷归田。又以“降者，原官留任加俸，不念明故”，招抚了宁国、徽州、九江南昌、袁州、南康、吉安、广信等府郡。
清朝统治者对洪承畴倒是用人不疑，洪承畴也效尽犬马之劳，干到眼睛都快瞎了还“不用扬鞭自奋蹄”。顺治十六年（1659），洪承畴奉旨察看边关，从贵阳赴昆明，山川险峻，道路艰难，到昆明赶上吴三桂征服昭通未归，复又
