第三大秘密是古墓里可能有日本天皇的起源证据：天皇古墓非常有可能隐藏着日本天皇的起源证据。早有日本考古专家怀疑，早期的日本天皇非常有可能是中国人或者朝鲜人。
汤重南介绍，日本天皇是国家的象征，所以一直不允许随便挖掘王陵。但是越不让挖就越引起人们的猜测。而且焦点集中到日本早期天皇的血统问题，认为一定隐藏着许多不为人知的秘密。
早期天皇是不是外来人？
那么，继体天皇是不是中国人？或者是日本民族之外的外来人？
虽然有各种传说，比如说徐福东渡成为日本天皇。但是历史的蛛丝马迹让汤重南研究员倾向认为，继体天皇是朝鲜人的可能性更大。
据现今的考古证据，古代的日本是由众多的部落国家以及自东北亚迁来的游牧民族融合演变而成。当时处于部落战争时期，由于生产力比较发达，所以来自中国和朝鲜的部落大王可能在战争中占据有力的位置，最终统一其它部落，并进而成为第一个天皇。
长期以来，日本国民一直以为，日本皇室拥有纯正的血统。
事实上，就连日本天皇本人曾经也在公开场合承认自己的祖先来自古代朝鲜皇室的成员，当时明仁天皇68岁生日这天抚今追昔，谈起了自己的先祖。他说，“就我而言，我感觉自己与朝鲜半岛有某种亲切感。据日本编年史记载，（日本）桓武天皇的母亲是古代朝鲜百济王国一位国王的家族中人。”
史学界对明仁天皇的声明也发表了自己的观点。日本京都一所大学的历史系教授广司田中说，普通日本国民几乎不知，日本和朝鲜的古代皇室有血缘关系。
天智天皇
神秘的日本天皇古坟
日本全国各地有超过20万个古坟，大多是公元250年至538年间建成。日本最大型及最重要的陵墓是包括124位日本天皇在内的896个皇室坟地。
有权威学者认为，在古代天皇陵墓中，只有天智天皇陵墓和天武天皇陵墓两处是正确的。继体天皇陵墓就是一个典型的例子。宫内厅在日本历代天皇陵墓要览中认为继体天皇陵墓是位于太田茶臼山的古坟，而日本学者则普遍认为继体天皇陵墓是今城冢古坟。
日本学者极力呼吁公开日本皇室古坟真相，但是宫内厅认为天皇陵墓是皇室固有的财产，而不是把它当作国民共有的文化财产。
掩藏于日本大王坟墓和天皇陵墓的历史背景深不可测。学者认为，天皇陵墓包含着再构筑近年来争论不休的王朝论的珍贵史料。
其中有一处ho－kenosan古坟，全长90米的前方后圆坟，是公元240年左右建造。在这一古坟发现了被称为石围木郭的埋葬设施，复原之后如图所示。这种形式在朝鲜半岛南部同样存在。由此可以推断大和王朝和朝鲜半岛之间曾有关联。
在日本，有一种声音认为，天皇家族是来自朝鲜半岛的某一部落民族。
