后来，当苏联意识到专家来华必须做真正意义上的技术专家、而不同于安插在东欧国家的“顾问”时，态度发生了很大转变。苏方提出，在支付专家工资之外，中国还应支付一笔费用，作为补偿专家原所在企业所蒙受的损失，为此，中国政府应按每人每月2000—4000卢布交付给苏联政府。
苏方的要价令中国政府大吃一惊，周恩来特意就《支付专家费用协议》第四条的相关要价同毛泽东主席进行了仔细协商。他们得出的结论是：如果每月用美元向苏联支付2000—4000卢布专家补偿费用，中国政府将是非常难以接受的。1950年2月12日，周恩来在和苏联驻华大使罗申的会晤中向苏方强调：“对于中华人民共和国来说，每个专家的费用相当于每月10000至18000斤小米，而中央人民政府主席和副主席们每月只有3400斤小米，部长们只有2800斤小米。”周恩来说：“我们认为，如果采用供给各种食品和商品的方式作为补偿金，对于中方来说，比支付美元要轻松得多。我们认为，苏方会考虑这些情况的。此外，我们要求被告知支付给每个专家的大体数字，这一
数字包括以美元核算的金额以及按照国际市场购买相应商品的卢布价格计算的各种食品的数量。”在后来的谈判中，苏方同意将补偿金降到1500—3000卢布，但坚持应以卢布结算。苏方还要求把在华苏联军士的报酬提高到低级专家水平，即每月应为他们支付1500卢布的补偿费用，苏方“甚至赞同，中方也应支付普通士兵的实际生活费用，而这笔费用不能算在应该补偿他们的差旅费之中”。
周恩来说：“算了，不和他们争了。”
中苏围绕专家待遇问题展开了艰难的谈判。1950年3月8日，中国驻苏大使王稼祥和外交部苏联东欧司司长伍修权与苏联外交部副部长葛罗米柯谈判。
王稼祥特意提出，如果苏联专家小孩很多，那他在中国拿的工资还不够养活全家，中国政府很关心专家们是否能将其家属带到中国，以便他们更长久、更安心地工作。王稼祥问葛罗米柯：“是否能将中国政府支付给苏联政府的1500—3000卢布补偿金直接支付给在中国的多子女专家本人？”葛罗米柯断然拒绝中国政府的提议，认为没有必要做这样的修改。他说：“专家们将根据现有的条件和本人的收入情况，自己决定是否应该携带家属。”
对于军士问题，王稼祥指出，在苏联顾问中，军士占相当大的部分，而他们在苏联每月收入只有500—600卢布，因此不应该把规定给其他专家的条件扩展到这部分军人身上。王稼祥还说，从目前中国的财政状况来看，1500卢布是高水平的，支付军士工资将是一笔很大的数目，给教师和技术专家的待遇同给军士的待遇有些不相称。葛罗米柯坚持原有的立场，并再一次重申了苏方关于军士和士兵的支付条件。
