人的公开渗透不可得，占领当局转而谋求经济上的渗透。而当时燕京大学确实在经济上遭遇了前所未有的困厄。占领当局派了一个高级军官去见司徒雷登，询问燕大是否接受日本方面的一笔可观的补助年金。
司徒雷登一口回绝。日本高级军官气坏了，扬长而去。
无论占领当局怎样绞尽脑汁，司徒雷登软硬不吃，而且越斗越勇。他总结出一套跟占领当局打交道的方法，认为日本人表面上耀武扬威，实际上内心空虚，“我们再也用不着怕他们了！”他以无畏的勇气和智慧抗争，为燕京学子守护着一个自由空间，为沦陷区人民守护着一个精神孤岛。
占领当局对司徒雷的嫉恨因此与日俱增。一天，校园里发现了一枚炸弹。司徒雷登相信，这是日本人用来恐吓他的。他的回答是：“我宁叫日本人像炸南开大学一样把燕京大学炸掉，也决不会同他们合作来贻我们全体学生之羞。”
日美战争爆发的时间越来越近。燕大与占领当局的对抗越来越趋于临界点。司徒雷登不抱幻想，做了最坏打算。
1941年初，一群燕京学子从北平偷偷来到上海，准备自行前往大后方。正逢司徒雷登到上海开会，学子们推举了3个代表去见校务长。校务长坦承：现在的形势已酝酿着巨变，星条旗恐不能久悬于燕园上空。如果燕大真的被占领当局查封，他决定把燕大搬到大后方。
但计划快没有变化快。在迫害和反迫害的赛跑中，掌握主动权的迫害者最终抢先半拍。一二八事变突如其来，占领当局迫不及待地对燕园大打出手。司徒雷登的撤退计划胎死腹中。
燕园日不落
反抗是坚忍的，报复也是凶残的。1941年12月8日，在日本宪兵用刺刀逼着代理校务长高厚德宣布学校解散之后，师生们即各回宿舍收拾行李。当天下午，日本宪兵两人一组，各在一个翻译的陪同下，拿着早就备好的黑名单，逐楼逐室地照单抓捕抗日的燕大教授和学生。
亲历者陈嘉祥这样回忆当时场景：忽然外面一阵皮靴声近，到门口停下。门猛地被推开，一前一后，闯进两个鬼子。前面的凶狠地扫我们一眼，看着手里名单，用生硬的中国话问道：“陈嘉祥有？”我说：“我是。”他盯我一眼，右手一挥：“走！”后面的鬼子立刻把枪口对着我的脊背（陈嘉祥：《一二八蒙难记》，见燕京大学校友纪念特刊《燕园友谊》）。
同时被捕的，还有蓝铁年、沈聿温、李慰祖、程述尧、李欧、姚克荫、刘子健、张树柏、朱良漪、孙以亮等10名燕大学生，陆志韦、张东荪、赵紫宸、陈其田、刘豁轩、赵承信、林嘉通等7名燕大教授。数日后，燕大教授洪业、邓之诚，总务长蔡一谔、学生生活辅导委员会副主席侯仁之、农科教师沈寿铨，以及周学章、萧正谊全部被捕。来不及撤离的夏仁德、谢迪克、贝卢思等6名燕大外籍教师，则押往潍县集中营关押。