为最大限度地满足沦陷区学子的需要，燕大招生规模急剧扩张，从以前奉行精英教育，每年招生不足百人，到1938年7月录取新生605人，为历年最多的一次。到1941年，燕大学生的注册人数达到了创纪录的1128人。
燕京大学成了不甘做亡国奴的沦陷区学子的寄身之所。选择燕京大学就意味着不与占领当局合作，选择燕京大学就意味着拒绝奴化教育。这样一来，燕京大学的存在本身，就是一种不屈的象征。
反对燕大留下来的声浪至此完全平息，甚至一些本来已经离开的校友还自愿回到北平，帮助燕大度过她历史上最为困难的时刻。
但对占领当局来说，最恐怖的还是不可测的地下抵抗，其中的的核心人物，无一不是燕京大学的高层人物。
夏仁德：为抗战中国输送人才
燕大教授夏仁德是美国费城人，1923年8月来中国，任教于燕大心理学系，在燕大做了许多地下工作，多年来，他在燕园的家一直是中共地下组织的重要据点。燕大出身的陈翰伯回忆，“1935年，正是一二九运动来潮之年。夏仁德完全支持中国进步学生。他不发表讲演，没有写过文章，他是用行动来支持我们的。他知道我们需要安全的工作环境，把他家后门的钥匙交给我们，答应晚上午夜时分，可以在他家楼下客厅里办事，只是告诉我们，白天不要来，晚上不要有女同学来。后来，我们利用这里办了很多事情。有些党的文件如《八一宣言》等等，我们就带来藏在地毯底下。”
很多中共地下工作者因夏仁德的庇护而躲过了当局的追捕。当时的清华大学学生蒋南翔，就曾在夏仁德家里避难。后来出任新中国外交部副部长的黄华，也是夏仁德的学生。当黄华秘密离校，投奔延安之后，校务会议曾讨论要不要给黄华发文凭。夏仁德力排众议，全力为自己心爱的学生辩护。他说：我在中国多年，黄华是我教过的最好的学生！
从1940年起，根据司徒雷登的安排，夏仁德领衔主持燕京大学学生生活辅导委员会。当时正在燕京大学读研究生、后来成为著名历史地理学家的侯仁之，则是夏仁德的主要助手，任委员会副主席。燕京大学的主要工作是把沦陷区的知识青年培养成战时中国紧缺的人才，而怎样把已经培养成才的燕京学子输送到大后方和敌后根据地，输送到抗日战争最需要的地方，这个任务就主要由学生生活辅导委员会来完成。
逃奔大后方的燕京学子所在多有，逃奔敌后根据地的燕京学子也不少见。侯仁之回忆，当他策划第一批学生南下时，中共燕京地下组织负责人向他建议，也应该送一批学生去根据地。并说根据地就在山西，去也方便，而且那里很需要知识分子。侯仁之表示赞同，两人就一起去见司徒雷登。司徒雷登毫无保留地支持，并要中共燕京地下组织负责人和侯仁之共同负责此事。